Protein–RNA interactions for Protein: P20585

MSH3, DNA mismatch repair protein Msh3, humanhuman

Predictions only

Length 1,137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH3P20585 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
MSH3P20585 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
MSH3P20585 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
MSH3P20585 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
MSH3P20585 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
MSH3P20585 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
MSH3P20585 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
MSH3P20585 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
MSH3P20585 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
MSH3P20585 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
MSH3P20585 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
MSH3P20585 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC26.44■■□□□ 1.82
MSH3P20585 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
MSH3P20585 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC26.43■■□□□ 1.82
MSH3P20585 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
MSH3P20585 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
MSH3P20585 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
MSH3P20585 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
MSH3P20585 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
MSH3P20585 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
MSH3P20585 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
MSH3P20585 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
MSH3P20585 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
MSH3P20585 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
MSH3P20585 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
MSH3P20585 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
MSH3P20585 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
MSH3P20585 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
MSH3P20585 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
MSH3P20585 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
MSH3P20585 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
MSH3P20585 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
MSH3P20585 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
MSH3P20585 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
MSH3P20585 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
MSH3P20585 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
MSH3P20585 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
MSH3P20585 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
MSH3P20585 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
MSH3P20585 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
MSH3P20585 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
MSH3P20585 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
MSH3P20585 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC26.31■■□□□ 1.8
MSH3P20585 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
MSH3P20585 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
MSH3P20585 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
MSH3P20585 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
MSH3P20585 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
MSH3P20585 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
MSH3P20585 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
MSH3P20585 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
MSH3P20585 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC26.28■■□□□ 1.8
MSH3P20585 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
MSH3P20585 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
MSH3P20585 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
MSH3P20585 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
MSH3P20585 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
MSH3P20585 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
MSH3P20585 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
MSH3P20585 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
MSH3P20585 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
MSH3P20585 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
MSH3P20585 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
MSH3P20585 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
MSH3P20585 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
MSH3P20585 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
MSH3P20585 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
MSH3P20585 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
MSH3P20585 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
MSH3P20585 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
MSH3P20585 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
MSH3P20585 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
MSH3P20585 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
MSH3P20585 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC26.2■■□□□ 1.78
MSH3P20585 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
MSH3P20585 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
MSH3P20585 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
MSH3P20585 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
MSH3P20585 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
MSH3P20585 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
MSH3P20585 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC26.18■■□□□ 1.78
MSH3P20585 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
MSH3P20585 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
MSH3P20585 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
MSH3P20585 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
MSH3P20585 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
MSH3P20585 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
MSH3P20585 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
MSH3P20585 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
MSH3P20585 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
MSH3P20585 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC26.14■■□□□ 1.77
MSH3P20585 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
MSH3P20585 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
MSH3P20585 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
MSH3P20585 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
MSH3P20585 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
MSH3P20585 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
MSH3P20585 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
MSH3P20585 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
MSH3P20585 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.5 ms