Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY72

SCN3B, Sodium channel subunit beta-3, humanhuman

Predictions only

Length 215 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3BQ9NY72 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN3BQ9NY72 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN3BQ9NY72 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SCN3BQ9NY72 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
SCN3BQ9NY72 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SCN3BQ9NY72 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SCN3BQ9NY72 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SCN3BQ9NY72 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SCN3BQ9NY72 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SCN3BQ9NY72 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SCN3BQ9NY72 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SCN3BQ9NY72 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SCN3BQ9NY72 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SCN3BQ9NY72 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SCN3BQ9NY72 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN3BQ9NY72 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN3BQ9NY72 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SCN3BQ9NY72 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SCN3BQ9NY72 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SCN3BQ9NY72 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SCN3BQ9NY72 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN3BQ9NY72 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN3BQ9NY72 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN3BQ9NY72 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN3BQ9NY72 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SCN3BQ9NY72 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN3BQ9NY72 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SCN3BQ9NY72 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SCN3BQ9NY72 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SCN3BQ9NY72 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SCN3BQ9NY72 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SCN3BQ9NY72 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
SCN3BQ9NY72 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SCN3BQ9NY72 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SCN3BQ9NY72 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SCN3BQ9NY72 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SCN3BQ9NY72 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SCN3BQ9NY72 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SCN3BQ9NY72 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
SCN3BQ9NY72 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SCN3BQ9NY72 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SCN3BQ9NY72 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SCN3BQ9NY72 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SCN3BQ9NY72 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SCN3BQ9NY72 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SCN3BQ9NY72 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SCN3BQ9NY72 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SCN3BQ9NY72 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN3BQ9NY72 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN3BQ9NY72 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN3BQ9NY72 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN3BQ9NY72 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN3BQ9NY72 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN3BQ9NY72 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN3BQ9NY72 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN3BQ9NY72 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN3BQ9NY72 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN3BQ9NY72 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN3BQ9NY72 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN3BQ9NY72 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN3BQ9NY72 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN3BQ9NY72 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN3BQ9NY72 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN3BQ9NY72 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN3BQ9NY72 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN3BQ9NY72 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN3BQ9NY72 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN3BQ9NY72 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SCN3BQ9NY72 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN3BQ9NY72 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SCN3BQ9NY72 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SCN3BQ9NY72 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SCN3BQ9NY72 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SCN3BQ9NY72 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SCN3BQ9NY72 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SCN3BQ9NY72 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SCN3BQ9NY72 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SCN3BQ9NY72 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SCN3BQ9NY72 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN3BQ9NY72 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN3BQ9NY72 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN3BQ9NY72 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN3BQ9NY72 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN3BQ9NY72 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN3BQ9NY72 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN3BQ9NY72 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SCN3BQ9NY72 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN3BQ9NY72 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN3BQ9NY72 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN3BQ9NY72 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN3BQ9NY72 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN3BQ9NY72 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN3BQ9NY72 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN3BQ9NY72 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN3BQ9NY72 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN3BQ9NY72 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN3BQ9NY72 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN3BQ9NY72 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN3BQ9NY72 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN3BQ9NY72 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.6 ms