Protein–RNA interactions for Protein: Q9BT78

COPS4, COP9 signalosome complex subunit 4, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPS4Q9BT78 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
COPS4Q9BT78 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COPS4Q9BT78 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COPS4Q9BT78 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COPS4Q9BT78 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
COPS4Q9BT78 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COPS4Q9BT78 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COPS4Q9BT78 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
COPS4Q9BT78 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COPS4Q9BT78 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COPS4Q9BT78 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COPS4Q9BT78 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COPS4Q9BT78 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COPS4Q9BT78 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COPS4Q9BT78 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COPS4Q9BT78 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COPS4Q9BT78 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COPS4Q9BT78 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COPS4Q9BT78 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COPS4Q9BT78 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COPS4Q9BT78 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COPS4Q9BT78 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COPS4Q9BT78 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COPS4Q9BT78 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
COPS4Q9BT78 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
COPS4Q9BT78 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COPS4Q9BT78 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
COPS4Q9BT78 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COPS4Q9BT78 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
COPS4Q9BT78 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
COPS4Q9BT78 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COPS4Q9BT78 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
COPS4Q9BT78 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
COPS4Q9BT78 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COPS4Q9BT78 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COPS4Q9BT78 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COPS4Q9BT78 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COPS4Q9BT78 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COPS4Q9BT78 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
COPS4Q9BT78 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COPS4Q9BT78 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COPS4Q9BT78 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COPS4Q9BT78 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COPS4Q9BT78 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COPS4Q9BT78 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COPS4Q9BT78 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COPS4Q9BT78 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COPS4Q9BT78 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COPS4Q9BT78 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COPS4Q9BT78 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COPS4Q9BT78 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COPS4Q9BT78 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COPS4Q9BT78 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COPS4Q9BT78 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COPS4Q9BT78 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COPS4Q9BT78 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COPS4Q9BT78 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COPS4Q9BT78 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COPS4Q9BT78 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COPS4Q9BT78 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COPS4Q9BT78 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COPS4Q9BT78 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COPS4Q9BT78 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COPS4Q9BT78 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COPS4Q9BT78 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
COPS4Q9BT78 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COPS4Q9BT78 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COPS4Q9BT78 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
COPS4Q9BT78 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COPS4Q9BT78 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COPS4Q9BT78 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COPS4Q9BT78 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COPS4Q9BT78 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COPS4Q9BT78 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COPS4Q9BT78 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
COPS4Q9BT78 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
COPS4Q9BT78 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
COPS4Q9BT78 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COPS4Q9BT78 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COPS4Q9BT78 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COPS4Q9BT78 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COPS4Q9BT78 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
COPS4Q9BT78 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COPS4Q9BT78 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COPS4Q9BT78 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COPS4Q9BT78 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COPS4Q9BT78 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COPS4Q9BT78 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COPS4Q9BT78 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COPS4Q9BT78 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COPS4Q9BT78 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COPS4Q9BT78 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COPS4Q9BT78 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
COPS4Q9BT78 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
COPS4Q9BT78 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COPS4Q9BT78 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COPS4Q9BT78 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COPS4Q9BT78 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COPS4Q9BT78 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COPS4Q9BT78 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.3 ms