Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SKA3Q8IX90 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
SKA3Q8IX90 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
SKA3Q8IX90 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SKA3Q8IX90 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SKA3Q8IX90 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SKA3Q8IX90 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SKA3Q8IX90 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SKA3Q8IX90 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SKA3Q8IX90 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SKA3Q8IX90 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SKA3Q8IX90 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SKA3Q8IX90 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SKA3Q8IX90 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
SKA3Q8IX90 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SKA3Q8IX90 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SKA3Q8IX90 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SKA3Q8IX90 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SKA3Q8IX90 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SKA3Q8IX90 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
SKA3Q8IX90 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
SKA3Q8IX90 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
SKA3Q8IX90 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
SKA3Q8IX90 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
SKA3Q8IX90 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SKA3Q8IX90 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SKA3Q8IX90 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
SKA3Q8IX90 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SKA3Q8IX90 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SKA3Q8IX90 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SKA3Q8IX90 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
SKA3Q8IX90 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SKA3Q8IX90 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SKA3Q8IX90 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SKA3Q8IX90 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SKA3Q8IX90 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SKA3Q8IX90 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SKA3Q8IX90 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SKA3Q8IX90 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SKA3Q8IX90 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SKA3Q8IX90 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SKA3Q8IX90 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SKA3Q8IX90 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SKA3Q8IX90 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SKA3Q8IX90 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
SKA3Q8IX90 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
SKA3Q8IX90 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SKA3Q8IX90 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SKA3Q8IX90 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SKA3Q8IX90 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SKA3Q8IX90 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SKA3Q8IX90 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SKA3Q8IX90 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SKA3Q8IX90 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SKA3Q8IX90 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SKA3Q8IX90 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SKA3Q8IX90 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SKA3Q8IX90 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SKA3Q8IX90 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SKA3Q8IX90 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SKA3Q8IX90 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SKA3Q8IX90 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SKA3Q8IX90 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SKA3Q8IX90 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SKA3Q8IX90 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SKA3Q8IX90 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SKA3Q8IX90 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SKA3Q8IX90 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SKA3Q8IX90 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SKA3Q8IX90 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SKA3Q8IX90 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SKA3Q8IX90 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SKA3Q8IX90 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SKA3Q8IX90 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SKA3Q8IX90 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SKA3Q8IX90 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SKA3Q8IX90 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SKA3Q8IX90 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SKA3Q8IX90 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SKA3Q8IX90 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SKA3Q8IX90 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SKA3Q8IX90 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SKA3Q8IX90 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
SKA3Q8IX90 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SKA3Q8IX90 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SKA3Q8IX90 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SKA3Q8IX90 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SKA3Q8IX90 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SKA3Q8IX90 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SKA3Q8IX90 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SKA3Q8IX90 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SKA3Q8IX90 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SKA3Q8IX90 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SKA3Q8IX90 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SKA3Q8IX90 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SKA3Q8IX90 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SKA3Q8IX90 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SKA3Q8IX90 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SKA3Q8IX90 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SKA3Q8IX90 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.4 ms