Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC29.8■■■□□ 2.36
CHD9Q3L8U1 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC29.79■■■□□ 2.36
CHD9Q3L8U1 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
CHD9Q3L8U1 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
CHD9Q3L8U1 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
CHD9Q3L8U1 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
CHD9Q3L8U1 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
CHD9Q3L8U1 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC29.78■■■□□ 2.36
CHD9Q3L8U1 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
CHD9Q3L8U1 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC29.77■■■□□ 2.36
CHD9Q3L8U1 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
CHD9Q3L8U1 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC29.73■■■□□ 2.35
CHD9Q3L8U1 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
CHD9Q3L8U1 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
CHD9Q3L8U1 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
CHD9Q3L8U1 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
CHD9Q3L8U1 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
CHD9Q3L8U1 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC29.67■■■□□ 2.34
CHD9Q3L8U1 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC29.67■■■□□ 2.34
CHD9Q3L8U1 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC29.67■■■□□ 2.34
CHD9Q3L8U1 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
CHD9Q3L8U1 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.64■■■□□ 2.34
CHD9Q3L8U1 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CHD9Q3L8U1 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
CHD9Q3L8U1 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC29.62■■■□□ 2.33
CHD9Q3L8U1 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
CHD9Q3L8U1 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
CHD9Q3L8U1 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
CHD9Q3L8U1 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CHD9Q3L8U1 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC29.57■■■□□ 2.32
CHD9Q3L8U1 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CHD9Q3L8U1 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CHD9Q3L8U1 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC29.55■■■□□ 2.32
CHD9Q3L8U1 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CHD9Q3L8U1 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CHD9Q3L8U1 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC29.54■■■□□ 2.32
CHD9Q3L8U1 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC29.54■■■□□ 2.32
CHD9Q3L8U1 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC29.53■■■□□ 2.32
CHD9Q3L8U1 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC29.53■■■□□ 2.32
CHD9Q3L8U1 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC29.52■■■□□ 2.32
CHD9Q3L8U1 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
CHD9Q3L8U1 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC29.51■■■□□ 2.31
CHD9Q3L8U1 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CHD9Q3L8U1 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CHD9Q3L8U1 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CHD9Q3L8U1 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CHD9Q3L8U1 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CHD9Q3L8U1 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CHD9Q3L8U1 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CHD9Q3L8U1 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
CHD9Q3L8U1 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
CHD9Q3L8U1 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
CHD9Q3L8U1 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
CHD9Q3L8U1 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
CHD9Q3L8U1 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
CHD9Q3L8U1 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC29.46■■■□□ 2.31
CHD9Q3L8U1 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
CHD9Q3L8U1 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
CHD9Q3L8U1 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
CHD9Q3L8U1 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CHD9Q3L8U1 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CHD9Q3L8U1 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CHD9Q3L8U1 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
CHD9Q3L8U1 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CHD9Q3L8U1 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC29.4■■■□□ 2.3
CHD9Q3L8U1 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
CHD9Q3L8U1 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.29
CHD9Q3L8U1 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
CHD9Q3L8U1 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC29.38■■■□□ 2.29
CHD9Q3L8U1 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
CHD9Q3L8U1 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
CHD9Q3L8U1 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC29.37■■■□□ 2.29
CHD9Q3L8U1 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
CHD9Q3L8U1 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CHD9Q3L8U1 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CHD9Q3L8U1 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
CHD9Q3L8U1 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
CHD9Q3L8U1 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
CHD9Q3L8U1 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC29.35■■■□□ 2.29
CHD9Q3L8U1 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
CHD9Q3L8U1 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
CHD9Q3L8U1 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
CHD9Q3L8U1 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
CHD9Q3L8U1 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
CHD9Q3L8U1 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
CHD9Q3L8U1 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
CHD9Q3L8U1 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CHD9Q3L8U1 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
CHD9Q3L8U1 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
CHD9Q3L8U1 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
CHD9Q3L8U1 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
CHD9Q3L8U1 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CHD9Q3L8U1 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC29.24■■■□□ 2.27
CHD9Q3L8U1 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CHD9Q3L8U1 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CHD9Q3L8U1 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CHD9Q3L8U1 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC29.23■■■□□ 2.27
CHD9Q3L8U1 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CHD9Q3L8U1 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
CHD9Q3L8U1 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms