Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.68■■■■■ 4.26
TCOF1Q13428 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC41.67■■■■■ 4.26
TCOF1Q13428 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.66■■■■■ 4.26
TCOF1Q13428 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.65■■■■■ 4.26
TCOF1Q13428 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.64■■■■■ 4.26
TCOF1Q13428 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.64■■■■■ 4.26
TCOF1Q13428 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC41.63■■■■■ 4.25
TCOF1Q13428 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC41.63■■■■■ 4.25
TCOF1Q13428 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC41.62■■■■■ 4.25
TCOF1Q13428 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC41.62■■■■■ 4.25
TCOF1Q13428 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC41.62■■■■■ 4.25
TCOF1Q13428 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC41.61■■■■■ 4.25
TCOF1Q13428 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41.61■■■■■ 4.25
TCOF1Q13428 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC41.61■■■■■ 4.25
TCOF1Q13428 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.59■■■■■ 4.25
TCOF1Q13428 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.59■■■■■ 4.25
TCOF1Q13428 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC41.59■■■■■ 4.25
TCOF1Q13428 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC41.58■■■■■ 4.25
TCOF1Q13428 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.58■■■■■ 4.25
TCOF1Q13428 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.57■■■■■ 4.25
TCOF1Q13428 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC41.57■■■■■ 4.25
TCOF1Q13428 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC41.55■■■■■ 4.24
TCOF1Q13428 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41.54■■■■■ 4.24
TCOF1Q13428 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC41.53■■■■■ 4.24
TCOF1Q13428 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.52■■■■■ 4.24
TCOF1Q13428 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.52■■■■■ 4.24
TCOF1Q13428 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC41.51■■■■■ 4.24
TCOF1Q13428 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC41.5■■■■■ 4.23
TCOF1Q13428 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC41.5■■■■■ 4.23
TCOF1Q13428 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.49■■■■■ 4.23
TCOF1Q13428 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC41.48■■■■■ 4.23
TCOF1Q13428 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC41.48■■■■■ 4.23
TCOF1Q13428 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.47■■■■■ 4.23
TCOF1Q13428 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC41.47■■■■■ 4.23
TCOF1Q13428 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC41.47■■■■■ 4.23
TCOF1Q13428 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.46■■■■■ 4.23
TCOF1Q13428 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC41.46■■■■■ 4.23
TCOF1Q13428 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.46■■■■■ 4.23
TCOF1Q13428 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC41.45■■■■■ 4.23
TCOF1Q13428 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC41.45■■■■■ 4.23
TCOF1Q13428 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC41.41■■■■■ 4.22
TCOF1Q13428 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC41.4■■■■■ 4.22
TCOF1Q13428 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC41.39■■■■■ 4.22
TCOF1Q13428 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC41.38■■■■■ 4.21
TCOF1Q13428 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC41.38■■■■■ 4.21
TCOF1Q13428 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC41.37■■■■■ 4.21
TCOF1Q13428 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC41.36■■■■■ 4.21
TCOF1Q13428 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.36■■■■■ 4.21
TCOF1Q13428 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.36■■■■■ 4.21
TCOF1Q13428 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC41.35■■■■■ 4.21
TCOF1Q13428 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC41.32■■■■■ 4.2
TCOF1Q13428 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.31■■■■■ 4.2
TCOF1Q13428 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC41.29■■■■■ 4.2
TCOF1Q13428 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC41.28■■■■■ 4.2
TCOF1Q13428 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.28■■■■■ 4.2
TCOF1Q13428 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC41.23■■■■■ 4.19
TCOF1Q13428 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.21■■■■■ 4.19
TCOF1Q13428 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC41.21■■■■■ 4.19
TCOF1Q13428 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC41.2■■■■■ 4.19
TCOF1Q13428 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.2■■■■■ 4.19
TCOF1Q13428 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC41.2■■■■■ 4.19
TCOF1Q13428 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC41.19■■■■■ 4.18
TCOF1Q13428 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41.19■■■■■ 4.18
TCOF1Q13428 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC41.19■■■■■ 4.18
TCOF1Q13428 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC41.17■■■■■ 4.18
TCOF1Q13428 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.15■■■■■ 4.18
TCOF1Q13428 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.15■■■■■ 4.18
TCOF1Q13428 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC41.15■■■■■ 4.18
TCOF1Q13428 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC41.15■■■■■ 4.18
TCOF1Q13428 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC41.13■■■■■ 4.18
TCOF1Q13428 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.13■■■■■ 4.17
TCOF1Q13428 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC41.11■■■■■ 4.17
TCOF1Q13428 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC41.1■■■■■ 4.17
TCOF1Q13428 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.1■■■■■ 4.17
TCOF1Q13428 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC41.1■■■■■ 4.17
TCOF1Q13428 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC41.1■■■■■ 4.17
TCOF1Q13428 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41.1■■■■■ 4.17
TCOF1Q13428 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.09■■■■■ 4.17
TCOF1Q13428 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC41.09■■■■■ 4.17
TCOF1Q13428 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC41.07■■■■■ 4.16
TCOF1Q13428 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC41.07■■■■■ 4.16
TCOF1Q13428 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.06■■■■■ 4.16
TCOF1Q13428 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.05■■■■■ 4.16
TCOF1Q13428 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC41.04■■■■■ 4.16
TCOF1Q13428 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC41.04■■■■■ 4.16
TCOF1Q13428 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC41.04■■■■■ 4.16
TCOF1Q13428 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.04■■■■■ 4.16
TCOF1Q13428 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.04■■■■■ 4.16
TCOF1Q13428 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.04■■■■■ 4.16
TCOF1Q13428 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC41.03■■■■■ 4.16
TCOF1Q13428 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC41.03■■■■■ 4.16
TCOF1Q13428 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.02■■■■■ 4.16
TCOF1Q13428 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC41.02■■■■■ 4.16
TCOF1Q13428 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41■■■■■ 4.15
TCOF1Q13428 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC41■■■■■ 4.15
TCOF1Q13428 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.99■■■■■ 4.15
TCOF1Q13428 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC40.98■■■■■ 4.15
TCOF1Q13428 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC40.98■■■■■ 4.15
TCOF1Q13428 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.97■■■■■ 4.15
TCOF1Q13428 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.96■■■■■ 4.15
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