Protein–RNA interactions for Protein: P30531

SLC6A1, Sodium- and chloride-dependent GABA transporter 1, humanhuman

Predictions only

Length 599 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SLC6A1P30531 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SLC6A1P30531 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SLC6A1P30531 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SLC6A1P30531 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SLC6A1P30531 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SLC6A1P30531 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SLC6A1P30531 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SLC6A1P30531 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SLC6A1P30531 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SLC6A1P30531 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SLC6A1P30531 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SLC6A1P30531 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SLC6A1P30531 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SLC6A1P30531 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
SLC6A1P30531 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
SLC6A1P30531 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
SLC6A1P30531 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SLC6A1P30531 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SLC6A1P30531 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SLC6A1P30531 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SLC6A1P30531 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SLC6A1P30531 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SLC6A1P30531 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SLC6A1P30531 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SLC6A1P30531 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SLC6A1P30531 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SLC6A1P30531 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SLC6A1P30531 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SLC6A1P30531 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SLC6A1P30531 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SLC6A1P30531 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SLC6A1P30531 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SLC6A1P30531 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SLC6A1P30531 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SLC6A1P30531 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SLC6A1P30531 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SLC6A1P30531 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SLC6A1P30531 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SLC6A1P30531 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SLC6A1P30531 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SLC6A1P30531 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SLC6A1P30531 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SLC6A1P30531 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SLC6A1P30531 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SLC6A1P30531 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SLC6A1P30531 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SLC6A1P30531 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SLC6A1P30531 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SLC6A1P30531 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SLC6A1P30531 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SLC6A1P30531 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SLC6A1P30531 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SLC6A1P30531 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SLC6A1P30531 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SLC6A1P30531 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SLC6A1P30531 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SLC6A1P30531 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SLC6A1P30531 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SLC6A1P30531 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SLC6A1P30531 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SLC6A1P30531 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SLC6A1P30531 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SLC6A1P30531 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SLC6A1P30531 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
SLC6A1P30531 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SLC6A1P30531 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
SLC6A1P30531 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SLC6A1P30531 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SLC6A1P30531 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SLC6A1P30531 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SLC6A1P30531 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SLC6A1P30531 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SLC6A1P30531 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SLC6A1P30531 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SLC6A1P30531 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SLC6A1P30531 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SLC6A1P30531 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SLC6A1P30531 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SLC6A1P30531 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SLC6A1P30531 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SLC6A1P30531 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SLC6A1P30531 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SLC6A1P30531 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
SLC6A1P30531 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SLC6A1P30531 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SLC6A1P30531 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SLC6A1P30531 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SLC6A1P30531 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SLC6A1P30531 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SLC6A1P30531 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SLC6A1P30531 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SLC6A1P30531 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SLC6A1P30531 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SLC6A1P30531 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SLC6A1P30531 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SLC6A1P30531 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SLC6A1P30531 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SLC6A1P30531 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SLC6A1P30531 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SLC6A1P30531 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.5 ms