Protein–RNA interactions for Protein: O95484

CLDN9, Claudin-9, humanhuman

Predictions only

Length 217 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN9O95484 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CLDN9O95484 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CLDN9O95484 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CLDN9O95484 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CLDN9O95484 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CLDN9O95484 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CLDN9O95484 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CLDN9O95484 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CLDN9O95484 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CLDN9O95484 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CLDN9O95484 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CLDN9O95484 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CLDN9O95484 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CLDN9O95484 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CLDN9O95484 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CLDN9O95484 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CLDN9O95484 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CLDN9O95484 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CLDN9O95484 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CLDN9O95484 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CLDN9O95484 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CLDN9O95484 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CLDN9O95484 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CLDN9O95484 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CLDN9O95484 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CLDN9O95484 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CLDN9O95484 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CLDN9O95484 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CLDN9O95484 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CLDN9O95484 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CLDN9O95484 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
CLDN9O95484 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CLDN9O95484 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CLDN9O95484 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CLDN9O95484 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CLDN9O95484 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CLDN9O95484 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CLDN9O95484 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
CLDN9O95484 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CLDN9O95484 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CLDN9O95484 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CLDN9O95484 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CLDN9O95484 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CLDN9O95484 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
CLDN9O95484 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CLDN9O95484 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CLDN9O95484 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC26■■□□□ 1.75
CLDN9O95484 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CLDN9O95484 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CLDN9O95484 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
CLDN9O95484 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CLDN9O95484 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CLDN9O95484 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CLDN9O95484 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CLDN9O95484 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CLDN9O95484 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
CLDN9O95484 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
CLDN9O95484 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
CLDN9O95484 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CLDN9O95484 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CLDN9O95484 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CLDN9O95484 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CLDN9O95484 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CLDN9O95484 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CLDN9O95484 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CLDN9O95484 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CLDN9O95484 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CLDN9O95484 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CLDN9O95484 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
CLDN9O95484 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CLDN9O95484 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CLDN9O95484 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CLDN9O95484 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CLDN9O95484 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CLDN9O95484 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CLDN9O95484 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CLDN9O95484 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CLDN9O95484 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CLDN9O95484 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CLDN9O95484 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CLDN9O95484 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CLDN9O95484 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CLDN9O95484 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CLDN9O95484 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CLDN9O95484 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CLDN9O95484 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
CLDN9O95484 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CLDN9O95484 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CLDN9O95484 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CLDN9O95484 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CLDN9O95484 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CLDN9O95484 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CLDN9O95484 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CLDN9O95484 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
CLDN9O95484 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CLDN9O95484 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CLDN9O95484 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CLDN9O95484 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CLDN9O95484 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CLDN9O95484 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms