Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZN17

LIN28B, Protein lin-28 homolog B, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 250 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIN28BQ6ZN17 SLC46A1-207ENST00000612814 6376 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.14□□□□□ -0.475e-8■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.341e-7■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.611e-9■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 ATP11C-201ENST00000327569 6115 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC2.46□□□□□ -2.021e-9■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 ATP11C-206ENST00000450801 3165 ntTSL 22.22□□□□□ -2.051e-9■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 ATP11C-205ENST00000433868 3113 ntTSL 51.84□□□□□ -2.111e-9■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 ATP11C-202ENST00000361648 6010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC1.52□□□□□ -2.171e-9■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 FDFT1-203ENST00000446331 1558 ntTSL 224.71■■□□□ 1.551e-38■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.151e-38■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.061e-38■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.971e-38■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.51e-38■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 FDFT1-223ENST00000615631 2462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.081e-38■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 FDFT1-224ENST00000618539 2660 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.071e-38■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 FDFT1-214ENST00000528812 2013 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.051e-38■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 FDFT1-225ENST00000622850 1987 ntTSL 2 BASIC12.07□□□□□ -0.481e-38■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 FDFT1-222ENST00000538689 2289 ntTSL 2 BASIC7.22□□□□□ -1.251e-38■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 ARPP19-205ENST00000563566 568 ntTSL 4 BASIC6.61□□□□□ -1.354e-13■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 WDR45B-205ENST00000572583 2322 ntTSL 1 (best)16.4■□□□□ 0.227e-7■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 WDR45B-201ENST00000392325 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.047e-7■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 WDR45B-209ENST00000576517 779 ntTSL 38.4□□□□□ -1.067e-7■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 CCDC90B-215ENST00000529745 1053 ntTSL 317.41■□□□□ 0.387e-9■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 CCDC90B-205ENST00000525916 656 ntTSL 314.69□□□□□ -0.067e-9■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 CCDC90B-216ENST00000529856 1039 ntTSL 314.16□□□□□ -0.147e-9■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 CCDC90B-211ENST00000529073 719 ntTSL 5 BASIC12.87□□□□□ -0.357e-9■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 CCDC90B-210ENST00000528149 987 ntTSL 312.87□□□□□ -0.357e-9■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 CCDC90B-218ENST00000533761 1587 ntTSL 511.74□□□□□ -0.537e-9■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 CCDC90B-206ENST00000526265 1433 ntTSL 210.7□□□□□ -0.77e-9■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 CCDC90B-219ENST00000534753 723 ntTSL 510.09□□□□□ -0.797e-9■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 CCDC90B-208ENST00000527025 777 ntTSL 510.01□□□□□ -0.817e-9■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 CCDC90B-217ENST00000530253 776 ntTSL 29.55□□□□□ -0.887e-9■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 CCDC90B-207ENST00000526631 628 ntTSL 29.17□□□□□ -0.947e-9■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 CCDC90B-212ENST00000529312 773 ntTSL 58.88□□□□□ -0.997e-9■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 FAM78A-202ENST00000372269 3659 ntTSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.638e-7■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 FAM78A-201ENST00000247295 4560 ntTSL 210.96□□□□□ -0.658e-7■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 ANXA2-218ENST00000559176 744 ntTSL 53.09□□□□□ -1.914e-8■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 MTHFR-202ENST00000376583 7044 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.94□□□□□ -0.52e-8■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 MTHFR-204ENST00000376590 7094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.08□□□□□ -0.642e-8■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 MTHFR-205ENST00000376592 8378 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.07□□□□□ -0.642e-8■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 MTHFR-203ENST00000376585 8094 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC10.52□□□□□ -0.732e-8■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 PRKDC-205ENST00000535375 464 ntTSL 35.21□□□□□ -1.581e-7■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 ATXN7L3B-201ENST00000519948 7604 ntAPPRIS P1 BASIC11.88□□□□□ -0.514e-8■■■■■ 34.2
LIN28BQ6ZN17 EPRS-201ENST00000366923 5014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.321e-9■■■■■ 34.1
LIN28BQ6ZN17 DCAF12-201ENST00000361264 3667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.58□□□□□ -0.724e-9■■■■■ 34.1
LIN28BQ6ZN17 TFRC-206ENST00000463047 549 ntTSL 24.79□□□□□ -1.645e-14■■■■■ 34.1
LIN28BQ6ZN17 SEC31A-211ENST00000503210 553 ntTSL 47.58□□□□□ -1.22e-23■■■■■ 34.1
LIN28BQ6ZN17 MRPL43-214ENST00000523148 844 ntTSL 326.39■■□□□ 1.823e-8■■■■■ 34.1
LIN28BQ6ZN17 MRPL43-212ENST00000487059 810 ntTSL 223.2■■□□□ 1.33e-8■■■■■ 34.1
LIN28BQ6ZN17 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.923e-8■■■■■ 34.1
LIN28BQ6ZN17 MRPL43-213ENST00000493646 897 ntTSL 1 (best)20.79■□□□□ 0.923e-8■■■■■ 34.1
LIN28BQ6ZN17 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.833e-8■■■■■ 34.1
LIN28BQ6ZN17 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.823e-8■■■■■ 34.1
LIN28BQ6ZN17 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.823e-8■■■■■ 34.1
LIN28BQ6ZN17 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.563e-8■■■■■ 34.1
LIN28BQ6ZN17 MRPL43-210ENST00000476012 539 ntTSL 1 (best)17.54■□□□□ 0.43e-8■■■■■ 34.1
LIN28BQ6ZN17 MRPL43-206ENST00000370236 866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.213e-8■■■■■ 34.1
LIN28BQ6ZN17 MRPL43-207ENST00000370241 824 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.213e-8■■■■■ 34.1
LIN28BQ6ZN17 MRPL43-209ENST00000448244 727 ntTSL 516.36■□□□□ 0.213e-8■■■■■ 34.1
LIN28BQ6ZN17 MRPL43-211ENST00000477279 903 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.043e-8■■■■■ 34.1
LIN28BQ6ZN17 MRPL43-202ENST00000318325 2134 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.113e-8■■■■■ 34.1
LIN28BQ6ZN17 COLGALT1-202ENST00000593832 2941 ntTSL 213.26□□□□□ -0.292e-13■■■■■ 34.1
LIN28BQ6ZN17 TFRC-209ENST00000464368 569 ntTSL 411.46□□□□□ -0.572e-8■■■■■ 34.1
LIN28BQ6ZN17 SRF-201ENST00000265354 4202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.173e-8■■■■■ 34.1
LIN28BQ6ZN17 DCAF7-206ENST00000615512 751 ntTSL 517.38■□□□□ 0.376e-11■■■■■ 34
LIN28BQ6ZN17 DCAF7-201ENST00000415273 1220 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.16e-11■■■■■ 34
LIN28BQ6ZN17 TNPO1-212ENST00000520850 863 ntTSL 218.15■□□□□ 0.54e-7■■■■■ 34
LIN28BQ6ZN17 TNPO1-213ENST00000523768 2632 ntTSL 2 BASIC11.09□□□□□ -0.634e-7■■■■■ 34
LIN28BQ6ZN17 TNPO1-204ENST00000506351 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.41□□□□□ -1.224e-7■■■■■ 34
LIN28BQ6ZN17 TNPO1-201ENST00000337273 11183 ntTSL 1 (best) BASIC7.31□□□□□ -1.244e-7■■■■■ 34
LIN28BQ6ZN17 PKM-225ENST00000570166 626 ntTSL 26.89□□□□□ -1.311e-30■■■■■ 34
LIN28BQ6ZN17 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.252e-13■■■■■ 34
LIN28BQ6ZN17 SLC2A4RG-207ENST00000493772 1328 ntTSL 1 (best)23.08■■□□□ 1.282e-13■■■■■ 34
LIN28BQ6ZN17 SLC2A4RG-202ENST00000473157 991 ntTSL 320.31■□□□□ 0.842e-13■■■■■ 34
LIN28BQ6ZN17 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.374e-10■■■■■ 34
LIN28BQ6ZN17 IQGAP2-217ENST00000514350 2617 ntTSL 1 (best)7.63□□□□□ -1.194e-10■■■■■ 34
LIN28BQ6ZN17 IQGAP2-204ENST00000502745 3404 ntTSL 2 BASIC4.8□□□□□ -1.644e-10■■■■■ 34
LIN28BQ6ZN17 IQGAP2-203ENST00000396234 3376 ntTSL 1 (best) BASIC4.8□□□□□ -1.644e-10■■■■■ 34
LIN28BQ6ZN17 IQGAP2-216ENST00000514001 1648 ntTSL 24.45□□□□□ -1.74e-10■■■■■ 34
LIN28BQ6ZN17 IQGAP2-202ENST00000379730 5442 ntTSL 5 BASIC3.64□□□□□ -1.834e-10■■■■■ 34
LIN28BQ6ZN17 IQGAP2-209ENST00000505766 4255 ntTSL 23.19□□□□□ -1.94e-10■■■■■ 34
LIN28BQ6ZN17 AC073861.1-201ENST00000496294 459 ntBASIC11.49□□□□□ -0.573e-15■■■■■ 33.9
LIN28BQ6ZN17 R3HDM1-213ENST00000463230 2241 ntTSL 214.58□□□□□ -0.077e-11■■■■■ 33.9
LIN28BQ6ZN17 R3HDM1-203ENST00000409606 3673 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC5.16□□□□□ -1.587e-11■■■■■ 33.9
LIN28BQ6ZN17 R3HDM1-202ENST00000409478 4272 ntTSL 1 (best) BASIC5.02□□□□□ -1.617e-11■■■■■ 33.9
LIN28BQ6ZN17 R3HDM1-201ENST00000264160 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.99□□□□□ -1.617e-11■■■■■ 33.9
LIN28BQ6ZN17 R3HDM1-204ENST00000410054 4442 ntTSL 2 BASIC4.95□□□□□ -1.627e-11■■■■■ 33.9
LIN28BQ6ZN17 R3HDM1-212ENST00000456040 851 ntTSL 53.77□□□□□ -1.817e-11■■■■■ 33.9
LIN28BQ6ZN17 R3HDM1-220ENST00000628915 4325 ntTSL 5 BASIC3.55□□□□□ -1.847e-11■■■■■ 33.9
LIN28BQ6ZN17 R3HDM1-219ENST00000488035 502 ntTSL 32.83□□□□□ -1.967e-11■■■■■ 33.9
LIN28BQ6ZN17 R3HDM1-207ENST00000436436 601 ntTSL 42.77□□□□□ -1.977e-11■■■■■ 33.9
LIN28BQ6ZN17 SLC31A1-201ENST00000374212 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.35□□□□□ -1.071e-26■■■■■ 33.9
LIN28BQ6ZN17 POFUT1-202ENST00000375749 5235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.369e-8■■■■■ 33.9
LIN28BQ6ZN17 RCOR1-201ENST00000262241 5754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.021e-10■■■■■ 33.9
LIN28BQ6ZN17 TIMM23-201ENST00000580018 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.175e-11■■■■■ 33.9
LIN28BQ6ZN17 RCOR1-204ENST00000560472 411 ntTSL 34.45□□□□□ -1.71e-10■■■■■ 33.9
LIN28BQ6ZN17 GLG1-213ENST00000567951 2918 ntTSL 1 (best)17.64■□□□□ 0.412e-7■■■■■ 33.9
LIN28BQ6ZN17 GLG1-202ENST00000422840 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.092e-7■■■■■ 33.9
LIN28BQ6ZN17 GLG1-203ENST00000447066 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.022e-7■■■■■ 33.9
LIN28BQ6ZN17 GLG1-206ENST00000562090 4037 ntTSL 214.03□□□□□ -0.162e-7■■■■■ 33.9
LIN28BQ6ZN17 GLG1-201ENST00000205061 8261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.172e-7■■■■■ 33.9
Retrieved 100 of 21,972 protein–RNA pairs in 66.9 ms