Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
ZNF540Q8NDQ6 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC25.57■■□□□ 1.68
ZNF540Q8NDQ6 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
ZNF540Q8NDQ6 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
ZNF540Q8NDQ6 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
ZNF540Q8NDQ6 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
ZNF540Q8NDQ6 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
ZNF540Q8NDQ6 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
ZNF540Q8NDQ6 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
ZNF540Q8NDQ6 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
ZNF540Q8NDQ6 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
ZNF540Q8NDQ6 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.67
ZNF540Q8NDQ6 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
ZNF540Q8NDQ6 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
ZNF540Q8NDQ6 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
ZNF540Q8NDQ6 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
ZNF540Q8NDQ6 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
ZNF540Q8NDQ6 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
ZNF540Q8NDQ6 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
ZNF540Q8NDQ6 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
ZNF540Q8NDQ6 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
ZNF540Q8NDQ6 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
ZNF540Q8NDQ6 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
ZNF540Q8NDQ6 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
ZNF540Q8NDQ6 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
ZNF540Q8NDQ6 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
ZNF540Q8NDQ6 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
ZNF540Q8NDQ6 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
ZNF540Q8NDQ6 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
ZNF540Q8NDQ6 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
ZNF540Q8NDQ6 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
ZNF540Q8NDQ6 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
ZNF540Q8NDQ6 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
ZNF540Q8NDQ6 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
ZNF540Q8NDQ6 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
ZNF540Q8NDQ6 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
ZNF540Q8NDQ6 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
ZNF540Q8NDQ6 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
ZNF540Q8NDQ6 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
ZNF540Q8NDQ6 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
ZNF540Q8NDQ6 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
ZNF540Q8NDQ6 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
ZNF540Q8NDQ6 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
ZNF540Q8NDQ6 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
ZNF540Q8NDQ6 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
ZNF540Q8NDQ6 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
ZNF540Q8NDQ6 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
ZNF540Q8NDQ6 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
ZNF540Q8NDQ6 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
ZNF540Q8NDQ6 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
ZNF540Q8NDQ6 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
ZNF540Q8NDQ6 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
ZNF540Q8NDQ6 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
ZNF540Q8NDQ6 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
ZNF540Q8NDQ6 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
ZNF540Q8NDQ6 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
ZNF540Q8NDQ6 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
ZNF540Q8NDQ6 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
ZNF540Q8NDQ6 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
ZNF540Q8NDQ6 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
ZNF540Q8NDQ6 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
ZNF540Q8NDQ6 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
ZNF540Q8NDQ6 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
ZNF540Q8NDQ6 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
ZNF540Q8NDQ6 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
ZNF540Q8NDQ6 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
ZNF540Q8NDQ6 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
ZNF540Q8NDQ6 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
ZNF540Q8NDQ6 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
ZNF540Q8NDQ6 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
ZNF540Q8NDQ6 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
ZNF540Q8NDQ6 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
ZNF540Q8NDQ6 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
ZNF540Q8NDQ6 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
ZNF540Q8NDQ6 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
ZNF540Q8NDQ6 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
ZNF540Q8NDQ6 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
ZNF540Q8NDQ6 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
ZNF540Q8NDQ6 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
ZNF540Q8NDQ6 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
ZNF540Q8NDQ6 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
ZNF540Q8NDQ6 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
ZNF540Q8NDQ6 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
ZNF540Q8NDQ6 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
ZNF540Q8NDQ6 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
ZNF540Q8NDQ6 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC25.03■■□□□ 1.6
ZNF540Q8NDQ6 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
ZNF540Q8NDQ6 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
ZNF540Q8NDQ6 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
ZNF540Q8NDQ6 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
ZNF540Q8NDQ6 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
ZNF540Q8NDQ6 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
ZNF540Q8NDQ6 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
ZNF540Q8NDQ6 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
ZNF540Q8NDQ6 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
ZNF540Q8NDQ6 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
ZNF540Q8NDQ6 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
ZNF540Q8NDQ6 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.59
ZNF540Q8NDQ6 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.59
ZNF540Q8NDQ6 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.3 ms