Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
TRIM28Q13263 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
TRIM28Q13263 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC35.3■■■■□ 3.24
TRIM28Q13263 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC35.3■■■■□ 3.24
TRIM28Q13263 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
TRIM28Q13263 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
TRIM28Q13263 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
TRIM28Q13263 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC35.28■■■■□ 3.24
TRIM28Q13263 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
TRIM28Q13263 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC35.27■■■■□ 3.24
TRIM28Q13263 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC35.27■■■■□ 3.24
TRIM28Q13263 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC35.27■■■■□ 3.24
TRIM28Q13263 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
TRIM28Q13263 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
TRIM28Q13263 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC35.2■■■■□ 3.23
TRIM28Q13263 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
TRIM28Q13263 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
TRIM28Q13263 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
TRIM28Q13263 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.18■■■■□ 3.22
TRIM28Q13263 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.17■■■■□ 3.22
TRIM28Q13263 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.15■■■■□ 3.22
TRIM28Q13263 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
TRIM28Q13263 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC35.13■■■■□ 3.21
TRIM28Q13263 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
TRIM28Q13263 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC35.11■■■■□ 3.21
TRIM28Q13263 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.1■■■■□ 3.21
TRIM28Q13263 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.1■■■■□ 3.21
TRIM28Q13263 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
TRIM28Q13263 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC35.04■■■■□ 3.2
TRIM28Q13263 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC35.04■■■■□ 3.2
TRIM28Q13263 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
TRIM28Q13263 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.03■■■■□ 3.2
TRIM28Q13263 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
TRIM28Q13263 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC35.02■■■■□ 3.2
TRIM28Q13263 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC35.01■■■■□ 3.19
TRIM28Q13263 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.98■■■■□ 3.19
TRIM28Q13263 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC34.98■■■■□ 3.19
TRIM28Q13263 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.93■■■■□ 3.18
TRIM28Q13263 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.93■■■■□ 3.18
TRIM28Q13263 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC34.92■■■■□ 3.18
TRIM28Q13263 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC34.87■■■■□ 3.17
TRIM28Q13263 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC34.86■■■■□ 3.17
TRIM28Q13263 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC34.86■■■■□ 3.17
TRIM28Q13263 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC34.84■■■■□ 3.17
TRIM28Q13263 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC34.84■■■■□ 3.17
TRIM28Q13263 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC34.84■■■■□ 3.17
TRIM28Q13263 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC34.84■■■■□ 3.17
TRIM28Q13263 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
TRIM28Q13263 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.8■■■■□ 3.16
TRIM28Q13263 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.79■■■■□ 3.16
TRIM28Q13263 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC34.79■■■■□ 3.16
TRIM28Q13263 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC34.79■■■■□ 3.16
TRIM28Q13263 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
TRIM28Q13263 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC34.75■■■■□ 3.15
TRIM28Q13263 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC34.75■■■■□ 3.15
TRIM28Q13263 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC34.74■■■■□ 3.15
TRIM28Q13263 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC34.74■■■■□ 3.15
TRIM28Q13263 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC34.74■■■■□ 3.15
TRIM28Q13263 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC34.72■■■■□ 3.15
TRIM28Q13263 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC34.71■■■■□ 3.15
TRIM28Q13263 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
TRIM28Q13263 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.7■■■■□ 3.15
TRIM28Q13263 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.15
TRIM28Q13263 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.69■■■■□ 3.14
TRIM28Q13263 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
TRIM28Q13263 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
TRIM28Q13263 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
TRIM28Q13263 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC34.63■■■■□ 3.13
TRIM28Q13263 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
TRIM28Q13263 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC34.61■■■■□ 3.13
TRIM28Q13263 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
TRIM28Q13263 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC34.61■■■■□ 3.13
TRIM28Q13263 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC34.61■■■■□ 3.13
TRIM28Q13263 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
TRIM28Q13263 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC34.59■■■■□ 3.13
TRIM28Q13263 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC34.59■■■■□ 3.13
TRIM28Q13263 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
TRIM28Q13263 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
TRIM28Q13263 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC34.58■■■■□ 3.13
TRIM28Q13263 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC34.57■■■■□ 3.12
TRIM28Q13263 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.56■■■■□ 3.12
TRIM28Q13263 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
TRIM28Q13263 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC34.54■■■■□ 3.12
TRIM28Q13263 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC34.54■■■■□ 3.12
TRIM28Q13263 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC34.53■■■■□ 3.12
TRIM28Q13263 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.12
TRIM28Q13263 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.5■■■■□ 3.11
TRIM28Q13263 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
TRIM28Q13263 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
TRIM28Q13263 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
TRIM28Q13263 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC34.46■■■■□ 3.11
TRIM28Q13263 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC34.45■■■■□ 3.11
TRIM28Q13263 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.11
TRIM28Q13263 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.1
TRIM28Q13263 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC34.44■■■■□ 3.1
TRIM28Q13263 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
TRIM28Q13263 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC34.43■■■■□ 3.1
TRIM28Q13263 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
TRIM28Q13263 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
TRIM28Q13263 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
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