Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC43.63■■■■■ 4.58
TRIM28Q13263 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC42.64■■■■■ 4.42
TRIM28Q13263 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.44■■■■■ 4.38
TRIM28Q13263 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.37■■■■■ 4.37
TRIM28Q13263 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.17■■■■■ 4.34
TRIM28Q13263 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42.14■■■■■ 4.34
TRIM28Q13263 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC41.97■■■■■ 4.31
TRIM28Q13263 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC41.9■■■■■ 4.3
TRIM28Q13263 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC40.89■■■■■ 4.14
TRIM28Q13263 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC40.87■■■■■ 4.13
TRIM28Q13263 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.85■■■■■ 4.13
TRIM28Q13263 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC40.76■■■■■ 4.12
TRIM28Q13263 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC40.67■■■■■ 4.1
TRIM28Q13263 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC40.58■■■■■ 4.09
TRIM28Q13263 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC40.56■■■■■ 4.08
TRIM28Q13263 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC40.52■■■■■ 4.08
TRIM28Q13263 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC40.35■■■■■ 4.05
TRIM28Q13263 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC40.24■■■■■ 4.03
TRIM28Q13263 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.19■■■■■ 4.02
TRIM28Q13263 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40■■■■□ 3.99
TRIM28Q13263 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.97■■■■□ 3.99
TRIM28Q13263 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC39.93■■■■□ 3.98
TRIM28Q13263 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.92■■■■□ 3.98
TRIM28Q13263 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC39.49■■■■□ 3.91
TRIM28Q13263 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.48■■■■□ 3.91
TRIM28Q13263 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC39.48■■■■□ 3.91
TRIM28Q13263 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.36■■■■□ 3.89
TRIM28Q13263 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.35■■■■□ 3.89
TRIM28Q13263 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC39.35■■■■□ 3.89
TRIM28Q13263 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.29■■■■□ 3.88
TRIM28Q13263 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC39.24■■■■□ 3.87
TRIM28Q13263 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.17■■■■□ 3.86
TRIM28Q13263 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.08■■■■□ 3.85
TRIM28Q13263 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC38.99■■■■□ 3.83
TRIM28Q13263 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC38.85■■■■□ 3.81
TRIM28Q13263 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.85■■■■□ 3.81
TRIM28Q13263 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC38.79■■■■□ 3.8
TRIM28Q13263 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.77■■■■□ 3.8
TRIM28Q13263 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.71■■■■□ 3.79
TRIM28Q13263 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC38.61■■■■□ 3.77
TRIM28Q13263 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.57■■■■□ 3.76
TRIM28Q13263 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC38.56■■■■□ 3.76
TRIM28Q13263 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.5■■■■□ 3.75
TRIM28Q13263 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC38.48■■■■□ 3.75
TRIM28Q13263 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC38.47■■■■□ 3.75
TRIM28Q13263 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.46■■■■□ 3.75
TRIM28Q13263 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.2■■■■□ 3.71
TRIM28Q13263 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC38.15■■■■□ 3.7
TRIM28Q13263 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC38.09■■■■□ 3.69
TRIM28Q13263 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC38.06■■■■□ 3.68
TRIM28Q13263 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC38.06■■■■□ 3.68
TRIM28Q13263 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC38.05■■■■□ 3.68
TRIM28Q13263 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC38■■■■□ 3.67
TRIM28Q13263 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.98■■■■□ 3.67
TRIM28Q13263 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC37.94■■■■□ 3.66
TRIM28Q13263 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.94■■■■□ 3.66
TRIM28Q13263 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.86■■■■□ 3.65
TRIM28Q13263 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.78■■■■□ 3.64
TRIM28Q13263 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.73■■■■□ 3.63
TRIM28Q13263 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.7■■■■□ 3.63
TRIM28Q13263 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
TRIM28Q13263 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC37.64■■■■□ 3.62
TRIM28Q13263 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC37.59■■■■□ 3.61
TRIM28Q13263 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC37.57■■■■□ 3.6
TRIM28Q13263 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC37.52■■■■□ 3.6
TRIM28Q13263 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC37.51■■■■□ 3.6
TRIM28Q13263 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC37.49■■■■□ 3.59
TRIM28Q13263 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC37.43■■■■□ 3.58
TRIM28Q13263 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC37.41■■■■□ 3.58
TRIM28Q13263 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.4■■■■□ 3.58
TRIM28Q13263 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.39■■■■□ 3.58
TRIM28Q13263 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.57
TRIM28Q13263 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC37.35■■■■□ 3.57
TRIM28Q13263 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.34■■■■□ 3.57
TRIM28Q13263 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC37.32■■■■□ 3.56
TRIM28Q13263 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC37.26■■■■□ 3.56
TRIM28Q13263 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.25■■■■□ 3.55
TRIM28Q13263 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.22■■■■□ 3.55
TRIM28Q13263 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC37.21■■■■□ 3.55
TRIM28Q13263 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.14■■■■□ 3.54
TRIM28Q13263 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC37.11■■■■□ 3.53
TRIM28Q13263 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC37.11■■■■□ 3.53
TRIM28Q13263 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.1■■■■□ 3.53
TRIM28Q13263 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.08■■■■□ 3.53
TRIM28Q13263 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC37.06■■■■□ 3.52
TRIM28Q13263 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.05■■■■□ 3.52
TRIM28Q13263 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.04■■■■□ 3.52
TRIM28Q13263 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37■■■■□ 3.51
TRIM28Q13263 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC37■■■■□ 3.51
TRIM28Q13263 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.99■■■■□ 3.51
TRIM28Q13263 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC36.99■■■■□ 3.51
TRIM28Q13263 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.97■■■■□ 3.51
TRIM28Q13263 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC36.94■■■■□ 3.5
TRIM28Q13263 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC36.94■■■■□ 3.5
TRIM28Q13263 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC36.92■■■■□ 3.5
TRIM28Q13263 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC36.9■■■■□ 3.5
TRIM28Q13263 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.89■■■■□ 3.5
TRIM28Q13263 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.88■■■■□ 3.49
TRIM28Q13263 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.85■■■■□ 3.49
TRIM28Q13263 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.85■■■■□ 3.49
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