Protein–RNA interactions for Protein: P67936

TPM4, Tropomyosin alpha-4 chain, humanhuman

Predictions only

Length 248 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TPM4P67936 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC31.12■■■□□ 2.57
TPM4P67936 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.1■■■□□ 2.57
TPM4P67936 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
TPM4P67936 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
TPM4P67936 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
TPM4P67936 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
TPM4P67936 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
TPM4P67936 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
TPM4P67936 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
TPM4P67936 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC31.03■■■□□ 2.56
TPM4P67936 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
TPM4P67936 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
TPM4P67936 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
TPM4P67936 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC31■■■□□ 2.55
TPM4P67936 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
TPM4P67936 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC30.95■■■□□ 2.55
TPM4P67936 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC30.94■■■□□ 2.54
TPM4P67936 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
TPM4P67936 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
TPM4P67936 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
TPM4P67936 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.93■■■□□ 2.54
TPM4P67936 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
TPM4P67936 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
TPM4P67936 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
TPM4P67936 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
TPM4P67936 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC30.87■■■□□ 2.53
TPM4P67936 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC30.87■■■□□ 2.53
TPM4P67936 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC30.86■■■□□ 2.53
TPM4P67936 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.85■■■□□ 2.53
TPM4P67936 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
TPM4P67936 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC30.83■■■□□ 2.53
TPM4P67936 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC30.83■■■□□ 2.53
TPM4P67936 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
TPM4P67936 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC30.81■■■□□ 2.52
TPM4P67936 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC30.81■■■□□ 2.52
TPM4P67936 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.79■■■□□ 2.52
TPM4P67936 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
TPM4P67936 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC30.77■■■□□ 2.52
TPM4P67936 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
TPM4P67936 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
TPM4P67936 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC30.73■■■□□ 2.51
TPM4P67936 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC30.72■■■□□ 2.51
TPM4P67936 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
TPM4P67936 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
TPM4P67936 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
TPM4P67936 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC30.71■■■□□ 2.51
TPM4P67936 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
TPM4P67936 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
TPM4P67936 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
TPM4P67936 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC30.62■■■□□ 2.49
TPM4P67936 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
TPM4P67936 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
TPM4P67936 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
TPM4P67936 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
TPM4P67936 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
TPM4P67936 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
TPM4P67936 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
TPM4P67936 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC30.58■■■□□ 2.49
TPM4P67936 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC30.58■■■□□ 2.49
TPM4P67936 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
TPM4P67936 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC30.57■■■□□ 2.48
TPM4P67936 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC30.57■■■□□ 2.48
TPM4P67936 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC30.56■■■□□ 2.48
TPM4P67936 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.55■■■□□ 2.48
TPM4P67936 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.55■■■□□ 2.48
TPM4P67936 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC30.55■■■□□ 2.48
TPM4P67936 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC30.54■■■□□ 2.48
TPM4P67936 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
TPM4P67936 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
TPM4P67936 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
TPM4P67936 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
TPM4P67936 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
TPM4P67936 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC30.5■■■□□ 2.47
TPM4P67936 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
TPM4P67936 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC30.49■■■□□ 2.47
TPM4P67936 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
TPM4P67936 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
TPM4P67936 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC30.47■■■□□ 2.47
TPM4P67936 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
TPM4P67936 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
TPM4P67936 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
TPM4P67936 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
TPM4P67936 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.41■■■□□ 2.46
TPM4P67936 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.4■■■□□ 2.46
TPM4P67936 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.4■■■□□ 2.46
TPM4P67936 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
TPM4P67936 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC30.37■■■□□ 2.45
TPM4P67936 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
TPM4P67936 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
TPM4P67936 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC30.35■■■□□ 2.45
TPM4P67936 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
TPM4P67936 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC30.35■■■□□ 2.45
TPM4P67936 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC30.34■■■□□ 2.45
TPM4P67936 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
TPM4P67936 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
TPM4P67936 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.31■■■□□ 2.44
TPM4P67936 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
TPM4P67936 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
TPM4P67936 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
TPM4P67936 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.6 ms