Protein–RNA interactions for Protein: P55347

PKNOX1, Homeobox protein PKNOX1, humanhuman

Predictions only

Length 436 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PKNOX1P55347 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC27.17■■□□□ 1.94
PKNOX1P55347 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
PKNOX1P55347 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
PKNOX1P55347 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
PKNOX1P55347 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
PKNOX1P55347 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
PKNOX1P55347 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
PKNOX1P55347 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
PKNOX1P55347 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
PKNOX1P55347 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
PKNOX1P55347 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
PKNOX1P55347 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
PKNOX1P55347 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
PKNOX1P55347 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
PKNOX1P55347 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
PKNOX1P55347 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC27.06■■□□□ 1.92
PKNOX1P55347 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
PKNOX1P55347 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC27.03■■□□□ 1.92
PKNOX1P55347 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
PKNOX1P55347 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
PKNOX1P55347 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
PKNOX1P55347 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
PKNOX1P55347 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC26.99■■□□□ 1.91
PKNOX1P55347 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
PKNOX1P55347 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC26.99■■□□□ 1.91
PKNOX1P55347 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
PKNOX1P55347 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC26.97■■□□□ 1.91
PKNOX1P55347 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
PKNOX1P55347 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC26.96■■□□□ 1.91
PKNOX1P55347 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
PKNOX1P55347 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
PKNOX1P55347 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
PKNOX1P55347 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
PKNOX1P55347 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
PKNOX1P55347 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
PKNOX1P55347 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.93■■□□□ 1.9
PKNOX1P55347 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
PKNOX1P55347 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
PKNOX1P55347 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
PKNOX1P55347 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
PKNOX1P55347 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
PKNOX1P55347 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
PKNOX1P55347 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
PKNOX1P55347 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
PKNOX1P55347 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
PKNOX1P55347 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
PKNOX1P55347 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
PKNOX1P55347 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
PKNOX1P55347 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
PKNOX1P55347 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
PKNOX1P55347 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
PKNOX1P55347 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
PKNOX1P55347 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
PKNOX1P55347 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
PKNOX1P55347 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
PKNOX1P55347 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
PKNOX1P55347 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
PKNOX1P55347 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
PKNOX1P55347 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
PKNOX1P55347 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
PKNOX1P55347 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
PKNOX1P55347 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
PKNOX1P55347 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
PKNOX1P55347 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
PKNOX1P55347 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
PKNOX1P55347 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
PKNOX1P55347 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
PKNOX1P55347 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
PKNOX1P55347 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
PKNOX1P55347 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
PKNOX1P55347 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
PKNOX1P55347 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
PKNOX1P55347 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
PKNOX1P55347 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
PKNOX1P55347 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
PKNOX1P55347 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
PKNOX1P55347 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
PKNOX1P55347 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
PKNOX1P55347 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC26.64■■□□□ 1.85
PKNOX1P55347 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
PKNOX1P55347 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
PKNOX1P55347 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
PKNOX1P55347 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
PKNOX1P55347 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
PKNOX1P55347 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
PKNOX1P55347 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
PKNOX1P55347 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
PKNOX1P55347 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
PKNOX1P55347 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
PKNOX1P55347 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
PKNOX1P55347 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
PKNOX1P55347 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
PKNOX1P55347 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
PKNOX1P55347 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
PKNOX1P55347 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
PKNOX1P55347 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
PKNOX1P55347 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
PKNOX1P55347 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
PKNOX1P55347 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
PKNOX1P55347 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.9 ms