Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC32.49■■■□□ 2.79
SNHG28P0DPA3 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC32.49■■■□□ 2.79
SNHG28P0DPA3 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC32.48■■■□□ 2.79
SNHG28P0DPA3 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.46■■■□□ 2.79
SNHG28P0DPA3 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
SNHG28P0DPA3 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
SNHG28P0DPA3 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC32.42■■■□□ 2.78
SNHG28P0DPA3 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
SNHG28P0DPA3 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC32.41■■■□□ 2.78
SNHG28P0DPA3 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC32.41■■■□□ 2.78
SNHG28P0DPA3 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
SNHG28P0DPA3 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
SNHG28P0DPA3 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC32.38■■■□□ 2.77
SNHG28P0DPA3 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC32.37■■■□□ 2.77
SNHG28P0DPA3 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
SNHG28P0DPA3 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC32.33■■■□□ 2.77
SNHG28P0DPA3 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
SNHG28P0DPA3 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
SNHG28P0DPA3 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC32.3■■■□□ 2.76
SNHG28P0DPA3 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
SNHG28P0DPA3 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC32.29■■■□□ 2.76
SNHG28P0DPA3 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
SNHG28P0DPA3 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC32.27■■■□□ 2.76
SNHG28P0DPA3 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
SNHG28P0DPA3 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
SNHG28P0DPA3 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC32.27■■■□□ 2.76
SNHG28P0DPA3 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
SNHG28P0DPA3 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC32.26■■■□□ 2.75
SNHG28P0DPA3 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
SNHG28P0DPA3 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
SNHG28P0DPA3 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
SNHG28P0DPA3 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
SNHG28P0DPA3 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
SNHG28P0DPA3 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
SNHG28P0DPA3 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC32.19■■■□□ 2.74
SNHG28P0DPA3 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC32.18■■■□□ 2.74
SNHG28P0DPA3 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC32.16■■■□□ 2.74
SNHG28P0DPA3 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
SNHG28P0DPA3 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
SNHG28P0DPA3 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC32.15■■■□□ 2.74
SNHG28P0DPA3 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
SNHG28P0DPA3 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC32.13■■■□□ 2.73
SNHG28P0DPA3 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
SNHG28P0DPA3 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
SNHG28P0DPA3 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.09■■■□□ 2.73
SNHG28P0DPA3 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC32.08■■■□□ 2.73
SNHG28P0DPA3 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC32.08■■■□□ 2.73
SNHG28P0DPA3 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
SNHG28P0DPA3 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC32.07■■■□□ 2.72
SNHG28P0DPA3 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
SNHG28P0DPA3 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC32.06■■■□□ 2.72
SNHG28P0DPA3 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.06■■■□□ 2.72
SNHG28P0DPA3 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
SNHG28P0DPA3 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC32.05■■■□□ 2.72
SNHG28P0DPA3 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
SNHG28P0DPA3 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
SNHG28P0DPA3 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC32.04■■■□□ 2.72
SNHG28P0DPA3 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
SNHG28P0DPA3 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
SNHG28P0DPA3 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC32.01■■■□□ 2.72
SNHG28P0DPA3 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.01■■■□□ 2.71
SNHG28P0DPA3 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.71
SNHG28P0DPA3 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.99■■■□□ 2.71
SNHG28P0DPA3 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC31.98■■■□□ 2.71
SNHG28P0DPA3 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
SNHG28P0DPA3 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
SNHG28P0DPA3 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
SNHG28P0DPA3 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
SNHG28P0DPA3 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
SNHG28P0DPA3 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
SNHG28P0DPA3 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
SNHG28P0DPA3 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
SNHG28P0DPA3 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
SNHG28P0DPA3 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC31.91■■■□□ 2.7
SNHG28P0DPA3 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.9■■■□□ 2.7
SNHG28P0DPA3 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
SNHG28P0DPA3 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
SNHG28P0DPA3 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
SNHG28P0DPA3 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.89■■■□□ 2.7
SNHG28P0DPA3 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC31.89■■■□□ 2.7
SNHG28P0DPA3 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.87■■■□□ 2.69
SNHG28P0DPA3 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.87■■■□□ 2.69
SNHG28P0DPA3 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC31.85■■■□□ 2.69
SNHG28P0DPA3 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC31.84■■■□□ 2.69
SNHG28P0DPA3 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC31.84■■■□□ 2.69
SNHG28P0DPA3 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC31.83■■■□□ 2.69
SNHG28P0DPA3 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
SNHG28P0DPA3 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC31.82■■■□□ 2.68
SNHG28P0DPA3 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
SNHG28P0DPA3 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
SNHG28P0DPA3 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
SNHG28P0DPA3 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
SNHG28P0DPA3 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
SNHG28P0DPA3 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.77■■■□□ 2.68
SNHG28P0DPA3 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.76■■■□□ 2.67
SNHG28P0DPA3 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
SNHG28P0DPA3 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
SNHG28P0DPA3 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
SNHG28P0DPA3 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC31.72■■■□□ 2.67
SNHG28P0DPA3 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64 ms