Protein–RNA interactions for Protein: Q16630

CPSF6, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 551 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF6Q16630 TMEM259-208ENST00000592052 1637 nt23.66■■□□□ 1.381e-7■□□□□ 9.7
CPSF6Q16630 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.051e-7■□□□□ 9.7
CPSF6Q16630 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.881e-7■□□□□ 9.7
CPSF6Q16630 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.631e-7■□□□□ 9.7
CPSF6Q16630 TMEM259-205ENST00000586704 2538 ntTSL 517.56■□□□□ 0.41e-7■□□□□ 9.7
CPSF6Q16630 TMEM259-211ENST00000593068 1965 ntTSL 517.37■□□□□ 0.371e-7■□□□□ 9.7
CPSF6Q16630 TMEM259-204ENST00000586285 626 ntTSL 312.04□□□□□ -0.481e-7■□□□□ 9.7
CPSF6Q16630 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.074e-6■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 C2orf49-201ENST00000258457 4768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.75□□□□□ -0.854e-6■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 RABL6-205ENST00000435930 3328 ntTSL 214.35□□□□□ -0.111e-6■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 PTMA-210ENST00000467816 378 ntTSL 212.96□□□□□ -0.338e-61■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 TAF1D-205ENST00000526015 1735 ntTSL 1 (best)17.7■□□□□ 0.424e-6■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 TMCO1-207ENST00000580248 1735 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.324e-6■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 TAF1D-207ENST00000527169 1127 ntTSL 516.8■□□□□ 0.284e-6■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 TAF1D-203ENST00000448108 2082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.034e-6■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 C15orf39-202ENST00000394987 4430 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.234e-6■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 TAF1D-201ENST00000323981 2540 ntTSL 213.41□□□□□ -0.264e-6■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 C15orf39-207ENST00000567617 4249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.314e-6■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 TMCO1-205ENST00000476143 581 ntTSL 312.89□□□□□ -0.354e-6■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 TMCO1-202ENST00000392129 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.54e-6■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 TMCO1-203ENST00000464650 1100 ntTSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.514e-6■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 C15orf39-201ENST00000360639 4517 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC11.56□□□□□ -0.564e-6■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 TMCO1-204ENST00000465705 760 ntTSL 510.73□□□□□ -0.694e-6■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 TMCO1-201ENST00000367881 2224 ntTSL 1 (best) BASIC10.32□□□□□ -0.764e-6■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 TMCO1-209ENST00000628579 477 ntTSL 5 BASIC9.79□□□□□ -0.844e-6■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 TAF1D-206ENST00000527068 1023 ntTSL 59.75□□□□□ -0.854e-6■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 TMCO1-206ENST00000481278 752 ntTSL 39.37□□□□□ -0.914e-6■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 TAF1D-212ENST00000529794 1123 ntTSL 28.86□□□□□ -0.994e-6■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 TAF1D-218ENST00000533794 505 ntTSL 28.83□□□□□ -14e-6■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 TMCO1-208ENST00000612311 4468 ntTSL 1 (best) BASIC8.61□□□□□ -1.034e-6■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 TAF1D-209ENST00000528734 664 ntTSL 27.85□□□□□ -1.154e-6■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 NCOR1-205ENST00000395857 9501 ntTSL 5 BASIC7.03□□□□□ -1.289e-7■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 TAF1D-221ENST00000540232 483 ntTSL 36.83□□□□□ -1.324e-6■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 NCOR1-201ENST00000268712 10720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.61□□□□□ -1.359e-7■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 NCOR1-204ENST00000395851 7950 ntTSL 1 (best) BASIC6.55□□□□□ -1.369e-7■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 NCOR1-202ENST00000395848 3106 ntTSL 1 (best) BASIC6.11□□□□□ -1.439e-7■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 TAF1D-202ENST00000393259 547 ntTSL 35.69□□□□□ -1.54e-6■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 PRPF4B-201ENST00000337659 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.06□□□□□ -1.64e-6■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 CLNS1A-201ENST00000263309 1172 ntTSL 3 BASIC11.96□□□□□ -0.491e-6■□□□□ 9.5
CPSF6Q16630 CLNS1A-211ENST00000532069 898 ntTSL 3 BASIC11.38□□□□□ -0.591e-6■□□□□ 9.5
CPSF6Q16630 CLNS1A-202ENST00000525064 1121 ntTSL 3 BASIC10.91□□□□□ -0.661e-6■□□□□ 9.5
CPSF6Q16630 CLNS1A-204ENST00000525428 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.681e-6■□□□□ 9.5
CPSF6Q16630 SUPT16H-207ENST00000557394 2324 ntTSL 29.88□□□□□ -0.834e-7■□□□□ 9.5
CPSF6Q16630 SUPT16H-201ENST00000216297 4684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.5□□□□□ -1.054e-7■□□□□ 9.5
CPSF6Q16630 NEAT1-202ENST00000501122 22743 ntBASIC4.5□□□□□ -1.692e-8■□□□□ 9.5
CPSF6Q16630 ARID4B-206ENST00000444620 1660 ntTSL 58.05□□□□□ -1.122e-8■□□□□ 9.5
CPSF6Q16630 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.094e-14■□□□□ 9.5
CPSF6Q16630 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC20.17■□□□□ 0.824e-14■□□□□ 9.5
CPSF6Q16630 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.334e-14■□□□□ 9.5
CPSF6Q16630 EIF3J-206ENST00000558227 362 ntTSL 28.53□□□□□ -1.044e-14■□□□□ 9.5
CPSF6Q16630 EIF3J-205ENST00000558053 463 ntTSL 26.7□□□□□ -1.344e-14■□□□□ 9.5
CPSF6Q16630 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.441e-20■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 PPM1G-202ENST00000472077 3752 ntTSL 29.1□□□□□ -0.951e-20■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 SRRM1-222ENST00000596378 2314 ntTSL 1 (best)22.22■■□□□ 1.158e-10■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 SRRM1-207ENST00000468822 768 ntTSL 213.97□□□□□ -0.178e-10■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 SRRM1-201ENST00000323848 4011 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.238e-10■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 SSB-207ENST00000465871 421 ntTSL 310.4□□□□□ -0.742e-7■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 SRRM1-219ENST00000495561 563 ntTSL 28.69□□□□□ -1.028e-10■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 SRRM1-217ENST00000490543 673 ntTSL 58.58□□□□□ -1.048e-10■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 USP48-209ENST00000487880 524 ntTSL 38.51□□□□□ -1.052e-7■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 SRRM1-221ENST00000593639 563 ntTSL 58.21□□□□□ -1.18e-10■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 SRRM1-205ENST00000462710 2624 ntTSL 58□□□□□ -1.138e-10■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 SRRM1-218ENST00000494934 802 ntTSL 37.62□□□□□ -1.198e-10■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 SRRM1-213ENST00000485441 561 ntTSL 37.33□□□□□ -1.248e-10■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 SRRM1-212ENST00000479034 2671 ntTSL 56.99□□□□□ -1.298e-10■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 SRRM1-202ENST00000374389 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.23□□□□□ -1.578e-10■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 SRRM1-203ENST00000447431 3691 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.74□□□□□ -1.658e-10■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 SRRM1-211ENST00000478890 480 ntTSL 32.91□□□□□ -1.948e-10■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 HSP90B1-209ENST00000552051 581 ntTSL 28.11□□□□□ -1.111e-10■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 G3BP2-206ENST00000503660 1071 ntTSL 514.71□□□□□ -0.053e-8■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 G3BP2-202ENST00000359707 4883 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.143e-8■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 G3BP2-205ENST00000502654 546 ntTSL 413.47□□□□□ -0.253e-8■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 G3BP2-201ENST00000357854 2609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.75□□□□□ -0.533e-8■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 G3BP2-211ENST00000507947 665 ntTSL 29.52□□□□□ -0.893e-8■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 G3BP2-203ENST00000395719 4217 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC7.08□□□□□ -1.283e-8■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 G3BP2-215ENST00000510902 338 ntTSL 35.39□□□□□ -1.553e-8■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.278e-23■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 HSPA1A-201ENST00000375651 2483 ntAPPRIS P1 BASIC16.35■□□□□ 0.218e-23■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 NAP1L1-217ENST00000549988 544 ntTSL 311.27□□□□□ -0.612e-41■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 CALM2-207ENST00000484408 682 ntTSL 519.87■□□□□ 0.771e-10■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 DYRK1A-201ENST00000338785 5498 ntTSL 1 (best) BASIC7.44□□□□□ -1.225e-6■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 DYRK1A-202ENST00000339659 8654 ntTSL 1 (best) BASIC5.53□□□□□ -1.525e-6■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 SFPQ-201ENST00000357214 3747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.464e-24■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 SFPQ-202ENST00000460428 464 ntTSL 27.8□□□□□ -1.164e-24■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 SFPQ-206ENST00000470472 874 ntTSL 55.25□□□□□ -1.574e-24■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.521e-6■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 LUC7L2-204ENST00000456182 2411 ntTSL 1 (best)17.87■□□□□ 0.451e-6■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.291e-6■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 LUC7L2-208ENST00000541170 1525 ntTSL 2 BASIC13□□□□□ -0.331e-6■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 C7orf55-LUC7L2-201ENST00000541515 1661 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.48□□□□□ -0.891e-6■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 LUC7L2-201ENST00000263545 2287 ntTSL 5 BASIC6.34□□□□□ -1.391e-6■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 LUC7L2-206ENST00000482860 2599 ntTSL 24.94□□□□□ -1.621e-6■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 LUC7L2-207ENST00000498518 2837 ntTSL 23.74□□□□□ -1.811e-6■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 ARID4B-201ENST00000264183 4995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.171e-8■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 ARID4B-205ENST00000421364 5151 ntTSL 1 (best)12.25□□□□□ -0.451e-8■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 ARID4B-212ENST00000491632 3823 ntTSL 1 (best)11.36□□□□□ -0.591e-8■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 ARID4B-209ENST00000471257 4195 ntTSL 56.38□□□□□ -1.391e-8■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 OGDH-204ENST00000443864 1744 ntTSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.093e-8■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 NUSAP1-208ENST00000559596 1629 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.96□□□□□ -0.333e-8■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 OGDH-203ENST00000439616 2962 ntTSL 2 BASIC11.79□□□□□ -0.523e-8■□□□□ 9.2
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