RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000592052.1

TMEM259-208, Transcript of transmembrane protein 259, human

Gene TMEM259, Length 1,637 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TMEM259-208	ENST00000592052	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		58.9	■■■■■ 7.02
TMEM259-208	ENST00000592052	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		52.05	■■■■■ 5.92
TMEM259-208	ENST00000592052	ABCC9	O60706	1549 aa		50.34	■■■■■ 5.65
TMEM259-208	ENST00000592052	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	49.2	■■■■■ 5.47
TMEM259-208	ENST00000592052	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		49.02	■■■■■ 5.44
TMEM259-208	ENST00000592052	NACAD	O15069	1562 aa		48.81	■■■■■ 5.4
TMEM259-208	ENST00000592052	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		48.77	■■■■■ 5.4
TMEM259-208	ENST00000592052	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		48.73	■■■■■ 5.39
TMEM259-208	ENST00000592052	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		48.71	■■■■■ 5.39
TMEM259-208	ENST00000592052	SCRIB	Q14160	1630 aa		47.57	■■■■■ 5.21
TMEM259-208	ENST00000592052	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		47.53	■■■■■ 5.2
TMEM259-208	ENST00000592052	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		47.17	■■■■■ 5.14
TMEM259-208	ENST00000592052	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	47.17	■■■■■ 5.14	1e-9	■■□□□ 14
TMEM259-208	ENST00000592052	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		46.96	■■■■■ 5.11
TMEM259-208	ENST00000592052	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	45.9	■■■■■ 4.94
TMEM259-208	ENST00000592052	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		45.81	■■■■■ 4.92
TMEM259-208	ENST00000592052	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	45.62	■■■■■ 4.89
TMEM259-208	ENST00000592052	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		45.59	■■■■■ 4.89
TMEM259-208	ENST00000592052	SMARCA4	P51532	1647 aa		45.56	■■■■■ 4.88
TMEM259-208	ENST00000592052	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		45.54	■■■■■ 4.88
TMEM259-208	ENST00000592052	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		45.4	■■■■■ 4.86
TMEM259-208	ENST00000592052	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		45.16	■■■■■ 4.82
TMEM259-208	ENST00000592052	SMARCA2	P51531	1590 aa		45.15	■■■■■ 4.82
TMEM259-208	ENST00000592052	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	45.13	■■■■■ 4.82
TMEM259-208	ENST00000592052	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		45.1	■■■■■ 4.81
TMEM259-208	ENST00000592052	NCAPD3	P42695	1498 aa		45.03	■■■■■ 4.8
TMEM259-208	ENST00000592052	WIZ	O95785	1651 aa		44.93	■■■■■ 4.78
TMEM259-208	ENST00000592052	HMGXB3	Q12766	1538 aa		44.87	■■■■■ 4.77
TMEM259-208	ENST00000592052	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	44.84	■■■■■ 4.77
TMEM259-208	ENST00000592052	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	44.53	■■■■■ 4.72
TMEM259-208	ENST00000592052	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	44.52	■■■■■ 4.72
TMEM259-208	ENST00000592052	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		44	■■■■■ 4.63
TMEM259-208	ENST00000592052	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		43.78	■■■■■ 4.6
TMEM259-208	ENST00000592052	NES	P48681	1621 aa		43.74	■■■■■ 4.59
TMEM259-208	ENST00000592052	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		43.74	■■■■■ 4.59
TMEM259-208	ENST00000592052	CFTR	P13569	1480 aa		43.64	■■■■■ 4.58
TMEM259-208	ENST00000592052	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		43.46	■■■■■ 4.55
TMEM259-208	ENST00000592052	ERCC6	Q03468	1493 aa		43.37	■■■■■ 4.53
TMEM259-208	ENST00000592052	PRDM2	Q13029	1718 aa		43.3	■■■■■ 4.52
TMEM259-208	ENST00000592052	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		43.27	■■■■■ 4.52
TMEM259-208	ENST00000592052	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		43.22	■■■■■ 4.51
TMEM259-208	ENST00000592052	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		43.16	■■■■■ 4.5
TMEM259-208	ENST00000592052	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		42.95	■■■■■ 4.47
TMEM259-208	ENST00000592052	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	42.91	■■■■■ 4.46
TMEM259-208	ENST00000592052	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	42.78	■■■■■ 4.44
TMEM259-208	ENST00000592052	WDR62	O43379	1518 aa		42.77	■■■■■ 4.44
TMEM259-208	ENST00000592052	ABCC8	Q09428	1581 aa		42.7	■■■■■ 4.43
TMEM259-208	ENST00000592052	CUX2	O14529	1486 aa		42.65	■■■■■ 4.42
TMEM259-208	ENST00000592052	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		42.65	■■■■■ 4.42
TMEM259-208	ENST00000592052	TOPBP1	Q92547	1522 aa		42.64	■■■■■ 4.42
TMEM259-208	ENST00000592052	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	42.56	■■■■■ 4.4	2e-8	■■□□□ 13.6
TMEM259-208	ENST00000592052	CUX1	P39880	1505 aa		42.55	■■■■■ 4.4
TMEM259-208	ENST00000592052	SYNJ1	O43426	1573 aa		42.38	■■■■■ 4.37
TMEM259-208	ENST00000592052	TOP2B	Q02880	1626 aa		42.37	■■■■■ 4.37
TMEM259-208	ENST00000592052	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		42.34	■■■■■ 4.37
TMEM259-208	ENST00000592052	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	42.33	■■■■■ 4.37
TMEM259-208	ENST00000592052	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		42.31	■■■■■ 4.36
TMEM259-208	ENST00000592052	IFT140	Q96RY7	1462 aa		42.22	■■■■■ 4.35
TMEM259-208	ENST00000592052	SOGA1	O94964	1423 aa		42.19	■■■■■ 4.34
TMEM259-208	ENST00000592052	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		42.13	■■■■■ 4.34
TMEM259-208	ENST00000592052	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	42.1	■■■■■ 4.33
TMEM259-208	ENST00000592052	TRIM41	Q8WV44	630 aa		42.05	■■■■■ 4.32
TMEM259-208	ENST00000592052	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	41.96	■■■■■ 4.31
TMEM259-208	ENST00000592052	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		41.94	■■■■■ 4.31
TMEM259-208	ENST00000592052	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		41.93	■■■■■ 4.3
TMEM259-208	ENST00000592052	WDR97	A6NE52	1622 aa		41.89	■■■■■ 4.3
TMEM259-208	ENST00000592052	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	41.86	■■■■■ 4.29
TMEM259-208	ENST00000592052	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	41.83	■■■■■ 4.29	1e-21	■■■■■ 50.2
TMEM259-208	ENST00000592052	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	41.82	■■■■■ 4.29
TMEM259-208	ENST00000592052	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		41.7	■■■■■ 4.27
TMEM259-208	ENST00000592052	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		41.7	■■■■■ 4.27
TMEM259-208	ENST00000592052	KIF27	Q86VH2	1401 aa		41.62	■■■■■ 4.25
TMEM259-208	ENST00000592052	GRIN2B	Q13224	1484 aa		41.61	■■■■■ 4.25
TMEM259-208	ENST00000592052	PBRM1	Q86U86	1689 aa		41.52	■■■■■ 4.24
TMEM259-208	ENST00000592052	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		41.46	■■■■■ 4.23
TMEM259-208	ENST00000592052	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		41.45	■■■■■ 4.23
TMEM259-208	ENST00000592052	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	41.43	■■■■■ 4.22
TMEM259-208	ENST00000592052	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		41.41	■■■■■ 4.22
TMEM259-208	ENST00000592052	IGF1R	P08069	1367 aa		41.36	■■■■■ 4.21
TMEM259-208	ENST00000592052	EEA1	Q15075	1411 aa		41.27	■■■■■ 4.2
TMEM259-208	ENST00000592052	SYNJ2	O15056	1496 aa		41.26	■■■■■ 4.2
TMEM259-208	ENST00000592052	ADAMTS12	P58397	1594 aa		41.25	■■■■■ 4.19
TMEM259-208	ENST00000592052	FBLN2	P98095	1184 aa		41.25	■■■■■ 4.19
TMEM259-208	ENST00000592052	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		41.24	■■■■■ 4.19
TMEM259-208	ENST00000592052	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	41.23	■■■■■ 4.19
TMEM259-208	ENST00000592052	CUL7	Q14999	1698 aa		41.2	■■■■■ 4.19
TMEM259-208	ENST00000592052	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	41.15	■■■■■ 4.18
TMEM259-208	ENST00000592052	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		41.14	■■■■■ 4.18
TMEM259-208	ENST00000592052	CHD1	O14646	1710 aa		41.13	■■■■■ 4.18
TMEM259-208	ENST00000592052	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		41.13	■■■■■ 4.17
TMEM259-208	ENST00000592052	GRIN2A	Q12879	1464 aa		41.07	■■■■■ 4.16
TMEM259-208	ENST00000592052	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		41.04	■■■■■ 4.16
TMEM259-208	ENST00000592052	PRX	Q9BXM0	1461 aa		40.97	■■■■■ 4.15
TMEM259-208	ENST00000592052	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		40.96	■■■■■ 4.15
TMEM259-208	ENST00000592052	NUP160	Q12769	1436 aa		40.84	■■■■■ 4.13
TMEM259-208	ENST00000592052	CEP170	Q5SW79	1584 aa		40.81	■■■■■ 4.12
TMEM259-208	ENST00000592052	KIF21B	O75037	1637 aa		40.75	■■■■■ 4.11
TMEM259-208	ENST00000592052	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		40.72	■■■■■ 4.11
TMEM259-208	ENST00000592052	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		40.64	■■■■■ 4.1
TMEM259-208	ENST00000592052	GOLGA3	Q08378	1498 aa		40.59	■■■■■ 4.09

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