RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000592590.6

TMEM259-209, Transcript of transmembrane protein 259, human

TSL 5 BASIC

Gene TMEM259, Length 2,509 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TMEM259-209	ENST00000592590	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		39.78	■■■■□ 3.96
TMEM259-209	ENST00000592590	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		34.32	■■■■□ 3.08
TMEM259-209	ENST00000592590	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	33.7	■■■□□ 2.99
TMEM259-209	ENST00000592590	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	33.66	■■■□□ 2.98
TMEM259-209	ENST00000592590	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		33.56	■■■□□ 2.96
TMEM259-209	ENST00000592590	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		33.26	■■■□□ 2.91
TMEM259-209	ENST00000592590	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		32.74	■■■□□ 2.83
TMEM259-209	ENST00000592590	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		32.68	■■■□□ 2.82
TMEM259-209	ENST00000592590	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		32.49	■■■□□ 2.79
TMEM259-209	ENST00000592590	PCGF6	Q9BYE7	350 aa		31.94	■■■□□ 2.7
TMEM259-209	ENST00000592590	HRC	P23327	699 aa		31.93	■■■□□ 2.7
TMEM259-209	ENST00000592590	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		31.9	■■■□□ 2.7
TMEM259-209	ENST00000592590	ABCC9	O60706	1549 aa		31.76	■■■□□ 2.67
TMEM259-209	ENST00000592590	SCRIB	Q14160	1630 aa		31.75	■■■□□ 2.67
TMEM259-209	ENST00000592590	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	31.61	■■■□□ 2.65
TMEM259-209	ENST00000592590	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	31.44	■■■□□ 2.62
TMEM259-209	ENST00000592590	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		31.3	■■■□□ 2.6
TMEM259-209	ENST00000592590	TRIM41	Q8WV44	630 aa		31.28	■■■□□ 2.6
TMEM259-209	ENST00000592590	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	31.19	■■■□□ 2.58
TMEM259-209	ENST00000592590	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		31.17	■■■□□ 2.58
TMEM259-209	ENST00000592590	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	31.16	■■■□□ 2.58
TMEM259-209	ENST00000592590	NACAD	O15069	1562 aa		31.07	■■■□□ 2.57
TMEM259-209	ENST00000592590	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		31.03	■■■□□ 2.56
TMEM259-209	ENST00000592590	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		31.02	■■■□□ 2.56
TMEM259-209	ENST00000592590	WIZ	O95785	1651 aa		30.84	■■■□□ 2.53
TMEM259-209	ENST00000592590	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	30.54	■■■□□ 2.48
TMEM259-209	ENST00000592590	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	30.42	■■■□□ 2.46
TMEM259-209	ENST00000592590	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	30.4	■■■□□ 2.46
TMEM259-209	ENST00000592590	ABCC8	Q09428	1581 aa		30.27	■■■□□ 2.44
TMEM259-209	ENST00000592590	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	30.26	■■■□□ 2.43
TMEM259-209	ENST00000592590	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		30.25	■■■□□ 2.43
TMEM259-209	ENST00000592590	SMARCA4	P51532	1647 aa		30.24	■■■□□ 2.43
TMEM259-209	ENST00000592590	SMARCA2	P51531	1590 aa		30.15	■■■□□ 2.42
TMEM259-209	ENST00000592590	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		30.12	■■■□□ 2.41
TMEM259-209	ENST00000592590	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	30.1	■■■□□ 2.41	1e-9	■■□□□ 14
TMEM259-209	ENST00000592590	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	30.05	■■■□□ 2.4
TMEM259-209	ENST00000592590	SOGA1	O94964	1423 aa		30.04	■■■□□ 2.4
TMEM259-209	ENST00000592590	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	30.04	■■■□□ 2.4
TMEM259-209	ENST00000592590	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		29.92	■■■□□ 2.38
TMEM259-209	ENST00000592590	CEP162	Q5TB80	1403 aa		29.9	■■■□□ 2.38
TMEM259-209	ENST00000592590	CCER1	Q8TC90	406 aa	Predicted RBP	29.89	■■■□□ 2.38
TMEM259-209	ENST00000592590	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		29.83	■■■□□ 2.37
TMEM259-209	ENST00000592590	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		29.82	■■■□□ 2.36
TMEM259-209	ENST00000592590	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	29.8	■■■□□ 2.36
TMEM259-209	ENST00000592590	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	29.8	■■■□□ 2.36	5e-7	■■■■■ 27.7
TMEM259-209	ENST00000592590	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		29.78	■■■□□ 2.36
TMEM259-209	ENST00000592590	EEA1	Q15075	1411 aa		29.67	■■■□□ 2.34
TMEM259-209	ENST00000592590	SCAF1	Q9H7N4	1312 aa	Known RBP	29.58	■■■□□ 2.33
TMEM259-209	ENST00000592590	GOLGA3	Q08378	1498 aa		29.58	■■■□□ 2.33
TMEM259-209	ENST00000592590	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		29.57	■■■□□ 2.32
TMEM259-209	ENST00000592590	SYNJ1	O43426	1573 aa		29.53	■■■□□ 2.32
TMEM259-209	ENST00000592590	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		29.49	■■■□□ 2.31
TMEM259-209	ENST00000592590	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	29.41	■■■□□ 2.3
TMEM259-209	ENST00000592590	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		29.38	■■■□□ 2.29
TMEM259-209	ENST00000592590	DIEXF	Q68CQ4	756 aa	Known RBP	29.36	■■■□□ 2.29
TMEM259-209	ENST00000592590	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	29.35	■■■□□ 2.29
TMEM259-209	ENST00000592590	CLIP1	P30622	1438 aa		29.31	■■■□□ 2.28
TMEM259-209	ENST00000592590	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	29.29	■■■□□ 2.28
TMEM259-209	ENST00000592590	KIF21B	O75037	1637 aa		29.28	■■■□□ 2.28
TMEM259-209	ENST00000592590	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		29.27	■■■□□ 2.28
TMEM259-209	ENST00000592590	NEUROD1	Q13562	356 aa		29.22	■■■□□ 2.27
TMEM259-209	ENST00000592590	ACIN1	Q9UKV3	1341 aa	Known RBP	29.18	■■■□□ 2.26
TMEM259-209	ENST00000592590	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		29.16	■■■□□ 2.26
TMEM259-209	ENST00000592590	APLP2	Q06481	763 aa		29.08	■■■□□ 2.25
TMEM259-209	ENST00000592590	ZNF316	A6NFI3	1004 aa	Predicted RBP	29.08	■■■□□ 2.24
TMEM259-209	ENST00000592590	TOP2B	Q02880	1626 aa		29.06	■■■□□ 2.24
TMEM259-209	ENST00000592590	CENPB	P07199	599 aa	Predicted RBP	28.91	■■■□□ 2.22
TMEM259-209	ENST00000592590	GTF3C3	Q9Y5Q9	886 aa		28.91	■■■□□ 2.22
TMEM259-209	ENST00000592590	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		28.9	■■■□□ 2.22
TMEM259-209	ENST00000592590	PRX	Q9BXM0	1461 aa		28.88	■■■□□ 2.21
TMEM259-209	ENST00000592590	CUX1	P39880	1505 aa		28.84	■■■□□ 2.21
TMEM259-209	ENST00000592590	NCAPD3	P42695	1498 aa		28.84	■■■□□ 2.21
TMEM259-209	ENST00000592590	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	28.82	■■■□□ 2.2
TMEM259-209	ENST00000592590	ARAP1	Q96P48	1450 aa		28.82	■■■□□ 2.2
TMEM259-209	ENST00000592590	YTHDC1	Q96MU7	727 aa	Known RBP	28.8	■■■□□ 2.2
TMEM259-209	ENST00000592590	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	28.8	■■■□□ 2.2
TMEM259-209	ENST00000592590	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		28.78	■■■□□ 2.2
TMEM259-209	ENST00000592590	MIER1	Q8N108	512 aa		28.77	■■■□□ 2.2
TMEM259-209	ENST00000592590	HMGXB3	Q12766	1538 aa		28.77	■■■□□ 2.2
TMEM259-209	ENST00000592590	KIF27	Q86VH2	1401 aa		28.71	■■■□□ 2.19
TMEM259-209	ENST00000592590	CFTR	P13569	1480 aa		28.68	■■■□□ 2.18
TMEM259-209	ENST00000592590	DHX57	Q6P158	1386 aa	Known RBP	28.61	■■■□□ 2.17
TMEM259-209	ENST00000592590	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		28.55	■■■□□ 2.16
TMEM259-209	ENST00000592590	ITGAE	P38570	1179 aa		28.5	■■■□□ 2.15
TMEM259-209	ENST00000592590	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	28.48	■■■□□ 2.15
TMEM259-209	ENST00000592590	CUX2	O14529	1486 aa		28.47	■■■□□ 2.15
TMEM259-209	ENST00000592590	IGF1R	P08069	1367 aa		28.46	■■■□□ 2.15
TMEM259-209	ENST00000592590	CLSPN	Q9HAW4	1339 aa		28.44	■■■□□ 2.14
TMEM259-209	ENST00000592590	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		28.42	■■■□□ 2.14
TMEM259-209	ENST00000592590	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		28.36	■■■□□ 2.13
TMEM259-209	ENST00000592590	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		28.33	■■■□□ 2.13
TMEM259-209	ENST00000592590	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		28.31	■■■□□ 2.12
TMEM259-209	ENST00000592590	P3H3	Q8IVL6	736 aa		28.27	■■■□□ 2.12
TMEM259-209	ENST00000592590	PRDM2	Q13029	1718 aa		28.23	■■■□□ 2.11
TMEM259-209	ENST00000592590	RAB3GAP2	Q9H2M9	1393 aa		28.21	■■■□□ 2.11
TMEM259-209	ENST00000592590	TIAM1	Q13009	1591 aa		28.19	■■■□□ 2.1
TMEM259-209	ENST00000592590	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	28.18	■■■□□ 2.1
TMEM259-209	ENST00000592590	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		28.15	■■■□□ 2.1
TMEM259-209	ENST00000592590	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		28.13	■■■□□ 2.09
TMEM259-209	ENST00000592590	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	28.12	■■■□□ 2.09

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