Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.45■■■□□ 2.47
USP3Q9Y6I4 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.44■■■□□ 2.46
USP3Q9Y6I4 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
USP3Q9Y6I4 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
USP3Q9Y6I4 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
USP3Q9Y6I4 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
USP3Q9Y6I4 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC30.37■■■□□ 2.45
USP3Q9Y6I4 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC30.37■■■□□ 2.45
USP3Q9Y6I4 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
USP3Q9Y6I4 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
USP3Q9Y6I4 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC30.33■■■□□ 2.45
USP3Q9Y6I4 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.33■■■□□ 2.45
USP3Q9Y6I4 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.32■■■□□ 2.44
USP3Q9Y6I4 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
USP3Q9Y6I4 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.3■■■□□ 2.44
USP3Q9Y6I4 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC30.29■■■□□ 2.44
USP3Q9Y6I4 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
USP3Q9Y6I4 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.44
USP3Q9Y6I4 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
USP3Q9Y6I4 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.23■■■□□ 2.43
USP3Q9Y6I4 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC30.23■■■□□ 2.43
USP3Q9Y6I4 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
USP3Q9Y6I4 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC30.19■■■□□ 2.42
USP3Q9Y6I4 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
USP3Q9Y6I4 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC30.19■■■□□ 2.42
USP3Q9Y6I4 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
USP3Q9Y6I4 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
USP3Q9Y6I4 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
USP3Q9Y6I4 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC30.17■■■□□ 2.42
USP3Q9Y6I4 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
USP3Q9Y6I4 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC30.15■■■□□ 2.42
USP3Q9Y6I4 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC30.14■■■□□ 2.42
USP3Q9Y6I4 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
USP3Q9Y6I4 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP3Q9Y6I4 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP3Q9Y6I4 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
USP3Q9Y6I4 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
USP3Q9Y6I4 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
USP3Q9Y6I4 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
USP3Q9Y6I4 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC29.98■■■□□ 2.39
USP3Q9Y6I4 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
USP3Q9Y6I4 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC29.96■■■□□ 2.39
USP3Q9Y6I4 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
USP3Q9Y6I4 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
USP3Q9Y6I4 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
USP3Q9Y6I4 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC29.94■■■□□ 2.38
USP3Q9Y6I4 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
USP3Q9Y6I4 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
USP3Q9Y6I4 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
USP3Q9Y6I4 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
USP3Q9Y6I4 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.81■■■□□ 2.36
USP3Q9Y6I4 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
USP3Q9Y6I4 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC29.78■■■□□ 2.36
USP3Q9Y6I4 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC29.78■■■□□ 2.36
USP3Q9Y6I4 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.75■■■□□ 2.35
USP3Q9Y6I4 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC29.74■■■□□ 2.35
USP3Q9Y6I4 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC29.72■■■□□ 2.35
USP3Q9Y6I4 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
USP3Q9Y6I4 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
USP3Q9Y6I4 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
USP3Q9Y6I4 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.34
USP3Q9Y6I4 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.69■■■□□ 2.34
USP3Q9Y6I4 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
USP3Q9Y6I4 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC29.68■■■□□ 2.34
USP3Q9Y6I4 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
USP3Q9Y6I4 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
USP3Q9Y6I4 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.66■■■□□ 2.34
USP3Q9Y6I4 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC29.66■■■□□ 2.34
USP3Q9Y6I4 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.66■■■□□ 2.34
USP3Q9Y6I4 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC29.6■■■□□ 2.33
USP3Q9Y6I4 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
USP3Q9Y6I4 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
USP3Q9Y6I4 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
USP3Q9Y6I4 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
USP3Q9Y6I4 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
USP3Q9Y6I4 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
USP3Q9Y6I4 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
USP3Q9Y6I4 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
USP3Q9Y6I4 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP3Q9Y6I4 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.32
USP3Q9Y6I4 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
USP3Q9Y6I4 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC29.51■■■□□ 2.31
USP3Q9Y6I4 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
USP3Q9Y6I4 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
USP3Q9Y6I4 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.46■■■□□ 2.31
USP3Q9Y6I4 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
USP3Q9Y6I4 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
USP3Q9Y6I4 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
USP3Q9Y6I4 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
USP3Q9Y6I4 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
USP3Q9Y6I4 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
USP3Q9Y6I4 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
USP3Q9Y6I4 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
USP3Q9Y6I4 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.29
USP3Q9Y6I4 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC29.38■■■□□ 2.29
USP3Q9Y6I4 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
USP3Q9Y6I4 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
USP3Q9Y6I4 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
USP3Q9Y6I4 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
USP3Q9Y6I4 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.3 ms