Protein–RNA interactions for Protein: Q86TS7

LINC00643, Putative UPF0730 protein encoded by LINC00643, humanhuman

Predictions only

Length 51 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00643Q86TS7 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LINC00643Q86TS7 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
LINC00643Q86TS7 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LINC00643Q86TS7 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LINC00643Q86TS7 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LINC00643Q86TS7 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LINC00643Q86TS7 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LINC00643Q86TS7 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
LINC00643Q86TS7 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
LINC00643Q86TS7 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
LINC00643Q86TS7 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
LINC00643Q86TS7 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
LINC00643Q86TS7 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LINC00643Q86TS7 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LINC00643Q86TS7 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LINC00643Q86TS7 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LINC00643Q86TS7 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LINC00643Q86TS7 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LINC00643Q86TS7 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LINC00643Q86TS7 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LINC00643Q86TS7 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LINC00643Q86TS7 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LINC00643Q86TS7 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LINC00643Q86TS7 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LINC00643Q86TS7 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
LINC00643Q86TS7 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LINC00643Q86TS7 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LINC00643Q86TS7 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LINC00643Q86TS7 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LINC00643Q86TS7 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LINC00643Q86TS7 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LINC00643Q86TS7 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
LINC00643Q86TS7 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LINC00643Q86TS7 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LINC00643Q86TS7 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LINC00643Q86TS7 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LINC00643Q86TS7 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LINC00643Q86TS7 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LINC00643Q86TS7 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LINC00643Q86TS7 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LINC00643Q86TS7 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LINC00643Q86TS7 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LINC00643Q86TS7 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LINC00643Q86TS7 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LINC00643Q86TS7 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
LINC00643Q86TS7 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
LINC00643Q86TS7 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC18.1■□□□□ 0.49
LINC00643Q86TS7 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LINC00643Q86TS7 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LINC00643Q86TS7 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LINC00643Q86TS7 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LINC00643Q86TS7 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LINC00643Q86TS7 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LINC00643Q86TS7 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LINC00643Q86TS7 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LINC00643Q86TS7 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LINC00643Q86TS7 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LINC00643Q86TS7 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LINC00643Q86TS7 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LINC00643Q86TS7 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LINC00643Q86TS7 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LINC00643Q86TS7 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LINC00643Q86TS7 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LINC00643Q86TS7 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LINC00643Q86TS7 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LINC00643Q86TS7 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LINC00643Q86TS7 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LINC00643Q86TS7 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
LINC00643Q86TS7 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
LINC00643Q86TS7 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
LINC00643Q86TS7 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
LINC00643Q86TS7 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
LINC00643Q86TS7 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
LINC00643Q86TS7 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
LINC00643Q86TS7 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
LINC00643Q86TS7 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
LINC00643Q86TS7 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
LINC00643Q86TS7 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
LINC00643Q86TS7 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
LINC00643Q86TS7 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LINC00643Q86TS7 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LINC00643Q86TS7 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LINC00643Q86TS7 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LINC00643Q86TS7 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LINC00643Q86TS7 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LINC00643Q86TS7 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LINC00643Q86TS7 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LINC00643Q86TS7 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LINC00643Q86TS7 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LINC00643Q86TS7 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LINC00643Q86TS7 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LINC00643Q86TS7 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
LINC00643Q86TS7 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LINC00643Q86TS7 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
LINC00643Q86TS7 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
LINC00643Q86TS7 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
LINC00643Q86TS7 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LINC00643Q86TS7 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LINC00643Q86TS7 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LINC00643Q86TS7 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.7 ms