Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.85■■■■□ 3.49
TRIM28Q13263 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC36.79■■■■□ 3.48
TRIM28Q13263 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.76■■■■□ 3.47
TRIM28Q13263 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.76■■■■□ 3.47
TRIM28Q13263 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.73■■■■□ 3.47
TRIM28Q13263 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC36.68■■■■□ 3.46
TRIM28Q13263 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC36.67■■■■□ 3.46
TRIM28Q13263 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.63■■■■□ 3.45
TRIM28Q13263 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.62■■■■□ 3.45
TRIM28Q13263 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC36.61■■■■□ 3.45
TRIM28Q13263 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
TRIM28Q13263 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.52■■■■□ 3.44
TRIM28Q13263 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC36.5■■■■□ 3.43
TRIM28Q13263 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.47■■■■□ 3.43
TRIM28Q13263 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC36.46■■■■□ 3.43
TRIM28Q13263 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC36.45■■■■□ 3.43
TRIM28Q13263 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
TRIM28Q13263 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC36.4■■■■□ 3.42
TRIM28Q13263 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC36.4■■■■□ 3.42
TRIM28Q13263 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.38■■■■□ 3.41
TRIM28Q13263 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
TRIM28Q13263 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
TRIM28Q13263 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
TRIM28Q13263 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.4
TRIM28Q13263 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC36.31■■■■□ 3.4
TRIM28Q13263 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC36.31■■■■□ 3.4
TRIM28Q13263 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
TRIM28Q13263 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC36.25■■■■□ 3.39
TRIM28Q13263 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC36.23■■■■□ 3.39
TRIM28Q13263 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
TRIM28Q13263 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC36.19■■■■□ 3.38
TRIM28Q13263 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC36.18■■■■□ 3.38
TRIM28Q13263 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC36.18■■■■□ 3.38
TRIM28Q13263 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC36.15■■■■□ 3.38
TRIM28Q13263 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
TRIM28Q13263 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
TRIM28Q13263 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
TRIM28Q13263 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC36.09■■■■□ 3.37
TRIM28Q13263 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
TRIM28Q13263 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.04■■■■□ 3.36
TRIM28Q13263 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC36.04■■■■□ 3.36
TRIM28Q13263 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.01■■■■□ 3.36
TRIM28Q13263 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
TRIM28Q13263 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
TRIM28Q13263 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.95■■■■□ 3.35
TRIM28Q13263 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC35.95■■■■□ 3.35
TRIM28Q13263 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC35.95■■■■□ 3.35
TRIM28Q13263 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
TRIM28Q13263 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC35.91■■■■□ 3.34
TRIM28Q13263 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
TRIM28Q13263 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC35.9■■■■□ 3.34
TRIM28Q13263 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC35.89■■■■□ 3.34
TRIM28Q13263 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC35.89■■■■□ 3.34
TRIM28Q13263 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC35.89■■■■□ 3.34
TRIM28Q13263 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.87■■■■□ 3.33
TRIM28Q13263 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.86■■■■□ 3.33
TRIM28Q13263 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC35.84■■■■□ 3.33
TRIM28Q13263 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC35.82■■■■□ 3.32
TRIM28Q13263 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC35.82■■■■□ 3.32
TRIM28Q13263 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC35.82■■■■□ 3.32
TRIM28Q13263 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.78■■■■□ 3.32
TRIM28Q13263 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC35.75■■■■□ 3.31
TRIM28Q13263 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
TRIM28Q13263 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC35.74■■■■□ 3.31
TRIM28Q13263 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
TRIM28Q13263 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
TRIM28Q13263 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
TRIM28Q13263 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC35.7■■■■□ 3.31
TRIM28Q13263 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.69■■■■□ 3.3
TRIM28Q13263 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC35.67■■■■□ 3.3
TRIM28Q13263 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC35.67■■■■□ 3.3
TRIM28Q13263 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
TRIM28Q13263 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
TRIM28Q13263 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC35.62■■■■□ 3.29
TRIM28Q13263 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC35.6■■■■□ 3.29
TRIM28Q13263 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
TRIM28Q13263 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
TRIM28Q13263 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
TRIM28Q13263 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC35.57■■■■□ 3.28
TRIM28Q13263 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
TRIM28Q13263 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
TRIM28Q13263 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
TRIM28Q13263 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC35.52■■■■□ 3.28
TRIM28Q13263 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC35.51■■■■□ 3.28
TRIM28Q13263 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC35.49■■■■□ 3.27
TRIM28Q13263 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
TRIM28Q13263 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
TRIM28Q13263 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
TRIM28Q13263 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC35.47■■■■□ 3.27
TRIM28Q13263 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC35.43■■■■□ 3.26
TRIM28Q13263 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC35.43■■■■□ 3.26
TRIM28Q13263 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
TRIM28Q13263 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC35.41■■■■□ 3.26
TRIM28Q13263 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC35.41■■■■□ 3.26
TRIM28Q13263 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.4■■■■□ 3.26
TRIM28Q13263 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC35.37■■■■□ 3.25
TRIM28Q13263 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.37■■■■□ 3.25
TRIM28Q13263 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.36■■■■□ 3.25
TRIM28Q13263 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC35.34■■■■□ 3.25
TRIM28Q13263 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.33■■■■□ 3.25
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