Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXD3P31249 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXD3P31249 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXD3P31249 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXD3P31249 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXD3P31249 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXD3P31249 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXD3P31249 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXD3P31249 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXD3P31249 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXD3P31249 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXD3P31249 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXD3P31249 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXD3P31249 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXD3P31249 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXD3P31249 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXD3P31249 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXD3P31249 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD3P31249 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD3P31249 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXD3P31249 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXD3P31249 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXD3P31249 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXD3P31249 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXD3P31249 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXD3P31249 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXD3P31249 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXD3P31249 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXD3P31249 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXD3P31249 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXD3P31249 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXD3P31249 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXD3P31249 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXD3P31249 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD3P31249 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD3P31249 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD3P31249 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD3P31249 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXD3P31249 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXD3P31249 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXD3P31249 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXD3P31249 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD3P31249 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD3P31249 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD3P31249 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HOXD3P31249 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD3P31249 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD3P31249 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXD3P31249 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXD3P31249 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD3P31249 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD3P31249 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD3P31249 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD3P31249 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
HOXD3P31249 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXD3P31249 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD3P31249 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD3P31249 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD3P31249 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXD3P31249 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
HOXD3P31249 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
HOXD3P31249 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC21.86■■□□□ 1.09
HOXD3P31249 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
HOXD3P31249 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXD3P31249 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXD3P31249 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXD3P31249 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXD3P31249 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXD3P31249 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD3P31249 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXD3P31249 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXD3P31249 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXD3P31249 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXD3P31249 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXD3P31249 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
HOXD3P31249 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
HOXD3P31249 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
HOXD3P31249 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
HOXD3P31249 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXD3P31249 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXD3P31249 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXD3P31249 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXD3P31249 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXD3P31249 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD3P31249 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD3P31249 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD3P31249 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD3P31249 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXD3P31249 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXD3P31249 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXD3P31249 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXD3P31249 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXD3P31249 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD3P31249 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD3P31249 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD3P31249 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD3P31249 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXD3P31249 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD3P31249 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD3P31249 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 91.6 ms