Protein–RNA interactions for Protein: O15347

HMGB3, High mobility group protein B3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGB3O15347 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HMGB3O15347 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HMGB3O15347 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HMGB3O15347 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HMGB3O15347 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
HMGB3O15347 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HMGB3O15347 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HMGB3O15347 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HMGB3O15347 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HMGB3O15347 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
HMGB3O15347 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
HMGB3O15347 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
HMGB3O15347 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
HMGB3O15347 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
HMGB3O15347 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
HMGB3O15347 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HMGB3O15347 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HMGB3O15347 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HMGB3O15347 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HMGB3O15347 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HMGB3O15347 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HMGB3O15347 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HMGB3O15347 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
HMGB3O15347 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
HMGB3O15347 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HMGB3O15347 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HMGB3O15347 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HMGB3O15347 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
HMGB3O15347 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HMGB3O15347 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HMGB3O15347 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HMGB3O15347 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HMGB3O15347 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HMGB3O15347 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HMGB3O15347 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HMGB3O15347 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HMGB3O15347 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HMGB3O15347 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
HMGB3O15347 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HMGB3O15347 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HMGB3O15347 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HMGB3O15347 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
HMGB3O15347 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HMGB3O15347 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HMGB3O15347 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HMGB3O15347 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HMGB3O15347 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HMGB3O15347 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HMGB3O15347 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HMGB3O15347 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HMGB3O15347 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HMGB3O15347 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
HMGB3O15347 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HMGB3O15347 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HMGB3O15347 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HMGB3O15347 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HMGB3O15347 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HMGB3O15347 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HMGB3O15347 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HMGB3O15347 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HMGB3O15347 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB3O15347 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB3O15347 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB3O15347 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
HMGB3O15347 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
HMGB3O15347 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HMGB3O15347 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HMGB3O15347 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HMGB3O15347 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HMGB3O15347 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
HMGB3O15347 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
HMGB3O15347 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
HMGB3O15347 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HMGB3O15347 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HMGB3O15347 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HMGB3O15347 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HMGB3O15347 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HMGB3O15347 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HMGB3O15347 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
HMGB3O15347 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HMGB3O15347 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HMGB3O15347 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HMGB3O15347 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HMGB3O15347 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HMGB3O15347 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HMGB3O15347 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HMGB3O15347 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HMGB3O15347 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HMGB3O15347 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HMGB3O15347 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HMGB3O15347 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HMGB3O15347 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HMGB3O15347 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HMGB3O15347 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HMGB3O15347 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HMGB3O15347 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HMGB3O15347 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
HMGB3O15347 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HMGB3O15347 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HMGB3O15347 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14 ms