Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP4Q13107 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP4Q13107 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP4Q13107 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
USP4Q13107 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
USP4Q13107 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
USP4Q13107 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP4Q13107 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP4Q13107 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP4Q13107 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP4Q13107 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP4Q13107 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
USP4Q13107 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP4Q13107 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP4Q13107 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP4Q13107 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP4Q13107 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP4Q13107 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP4Q13107 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP4Q13107 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP4Q13107 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP4Q13107 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP4Q13107 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP4Q13107 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP4Q13107 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP4Q13107 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP4Q13107 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP4Q13107 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP4Q13107 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
USP4Q13107 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP4Q13107 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP4Q13107 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP4Q13107 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
USP4Q13107 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP4Q13107 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP4Q13107 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP4Q13107 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
USP4Q13107 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP4Q13107 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP4Q13107 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP4Q13107 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP4Q13107 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
USP4Q13107 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
USP4Q13107 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
USP4Q13107 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
USP4Q13107 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
USP4Q13107 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC24.64■■□□□ 1.53
USP4Q13107 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
USP4Q13107 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP4Q13107 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP4Q13107 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP4Q13107 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP4Q13107 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP4Q13107 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP4Q13107 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
USP4Q13107 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP4Q13107 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP4Q13107 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP4Q13107 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP4Q13107 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP4Q13107 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP4Q13107 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP4Q13107 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
USP4Q13107 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP4Q13107 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP4Q13107 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP4Q13107 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP4Q13107 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP4Q13107 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP4Q13107 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
USP4Q13107 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP4Q13107 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP4Q13107 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP4Q13107 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP4Q13107 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP4Q13107 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP4Q13107 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP4Q13107 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP4Q13107 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
USP4Q13107 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP4Q13107 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP4Q13107 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP4Q13107 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP4Q13107 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP4Q13107 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP4Q13107 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP4Q13107 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP4Q13107 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP4Q13107 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP4Q13107 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP4Q13107 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP4Q13107 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP4Q13107 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
USP4Q13107 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
USP4Q13107 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP4Q13107 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP4Q13107 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP4Q13107 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP4Q13107 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP4Q13107 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
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