Protein–RNA interactions for Protein: O43365

HOXA3, Homeobox protein Hox-A3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 443 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA3O43365 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA3O43365 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA3O43365 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA3O43365 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA3O43365 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA3O43365 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA3O43365 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA3O43365 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA3O43365 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA3O43365 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA3O43365 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA3O43365 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
HOXA3O43365 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXA3O43365 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 323 ms