RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000395019.3

CTF1-202, Transcript of cardiotrophin 1, humanhuman

APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC

Gene CTF1, Length 1,617 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTF1-202ENST00000395019 NISCHQ9Y2I1 1504 aa56.72■■■■■ 6.67
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CTF1-202ENST00000395019 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa46.68■■■■■ 5.06
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CTF1-202ENST00000395019 SCRIBQ14160 1630 aa45.86■■■■■ 4.93
CTF1-202ENST00000395019 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa45.43■■■■■ 4.86
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CTF1-202ENST00000395019 DNAJC5BQ9UF47 199 aa43.62■■■■■ 4.57
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CTF1-202ENST00000395019 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa43.38■■■■■ 4.53
CTF1-202ENST00000395019 PEG3Q9GZU2 1588 aa43.38■■■■■ 4.53
CTF1-202ENST00000395019 SMARCA2P51531 1590 aa43.31■■■■■ 4.52
CTF1-202ENST00000395019 NCAPD3P42695 1498 aa43.17■■■■■ 4.5
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CTF1-202ENST00000395019 CHIC1Q5VXU3 224 aa41.77■■■■■ 4.28
CTF1-202ENST00000395019 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa41.64■■■■■ 4.26
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CTF1-202ENST00000395019 FANCD2Q9BXW9 1451 aa41.53■■■■■ 4.24
CTF1-202ENST00000395019 ERCC6Q03468 1493 aa41.45■■■■■ 4.23
CTF1-202ENST00000395019 CEP164Q9UPV0 1460 aa41.39■■■■■ 4.22
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CTF1-202ENST00000395019 ABCC8Q09428 1581 aa41.22■■■■■ 4.19
CTF1-202ENST00000395019 MRC2Q9UBG0 1479 aa41.15■■■■■ 4.18
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CTF1-202ENST00000395019 TRIM41Q8WV44 630 aa41.04■■■■■ 4.16
CTF1-202ENST00000395019 CUX1P39880 1505 aa41.04■■■■■ 4.16
CTF1-202ENST00000395019 WDR62O43379 1518 aa41.03■■■■■ 4.16
CTF1-202ENST00000395019 DNMBPQ6XZF7 1577 aa40.99■■■■■ 4.15
CTF1-202ENST00000395019 TOPBP1Q92547 1522 aa40.99■■■■■ 4.15
CTF1-202ENST00000395019 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP40.98■■■■■ 4.15
CTF1-202ENST00000395019 SYNJ1O43426 1573 aa40.97■■■■■ 4.15
CTF1-202ENST00000395019 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa40.88■■■■■ 4.13
CTF1-202ENST00000395019 TOP2BQ02880 1626 aa40.86■■■■■ 4.13
CTF1-202ENST00000395019 FGD5Q6ZNL6 1462 aa40.73■■■■■ 4.11
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CTF1-202ENST00000395019 IFT140Q96RY7 1462 aa40.44■■■■■ 4.06
CTF1-202ENST00000395019 WDR97A6NE52 1622 aa40.44■■■■■ 4.06
CTF1-202ENST00000395019 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP40.34■■■■■ 4.05
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CTF1-202ENST00000395019 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP40.24■■■■■ 4.03
CTF1-202ENST00000395019 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP40.22■■■■■ 4.03
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CTF1-202ENST00000395019 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP40.18■■■■■ 4.02
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CTF1-202ENST00000395019 IGF1RP08069 1367 aa39.8■■■■□ 3.96
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CTF1-202ENST00000395019 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP39.43■■■■□ 3.9
CTF1-202ENST00000395019 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa39.42■■■■□ 3.9
CTF1-202ENST00000395019 TNIKQ9UKE5 1360 aa39.4■■■■□ 3.9
CTF1-202ENST00000395019 UBTFP17480 764 aaKnown RBP39.3■■■■□ 3.88
CTF1-202ENST00000395019 CEP170Q5SW79 1584 aa39.3■■■■□ 3.88
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