Protein–RNA interactions for Protein: Q9H6T3

RPAP3, RNA polymerase II-associated protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 665 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPAP3Q9H6T3 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
RPAP3Q9H6T3 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
RPAP3Q9H6T3 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
RPAP3Q9H6T3 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
RPAP3Q9H6T3 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
RPAP3Q9H6T3 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC28.85■■■□□ 2.21
RPAP3Q9H6T3 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
RPAP3Q9H6T3 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
RPAP3Q9H6T3 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
RPAP3Q9H6T3 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC28.84■■■□□ 2.21
RPAP3Q9H6T3 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
RPAP3Q9H6T3 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
RPAP3Q9H6T3 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
RPAP3Q9H6T3 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
RPAP3Q9H6T3 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
RPAP3Q9H6T3 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
RPAP3Q9H6T3 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC28.82■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC28.81■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC28.77■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC28.77■■■□□ 2.2
RPAP3Q9H6T3 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
RPAP3Q9H6T3 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
RPAP3Q9H6T3 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
RPAP3Q9H6T3 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC28.75■■■□□ 2.19
RPAP3Q9H6T3 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
RPAP3Q9H6T3 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
RPAP3Q9H6T3 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
RPAP3Q9H6T3 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
RPAP3Q9H6T3 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC28.74■■■□□ 2.19
RPAP3Q9H6T3 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
RPAP3Q9H6T3 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC28.74■■■□□ 2.19
RPAP3Q9H6T3 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
RPAP3Q9H6T3 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
RPAP3Q9H6T3 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
RPAP3Q9H6T3 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
RPAP3Q9H6T3 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
RPAP3Q9H6T3 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
RPAP3Q9H6T3 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
RPAP3Q9H6T3 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
RPAP3Q9H6T3 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC28.7■■■□□ 2.19
RPAP3Q9H6T3 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.18
RPAP3Q9H6T3 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC28.7■■■□□ 2.18
RPAP3Q9H6T3 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
RPAP3Q9H6T3 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
RPAP3Q9H6T3 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
RPAP3Q9H6T3 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
RPAP3Q9H6T3 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
RPAP3Q9H6T3 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
RPAP3Q9H6T3 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
RPAP3Q9H6T3 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
RPAP3Q9H6T3 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
RPAP3Q9H6T3 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
RPAP3Q9H6T3 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
RPAP3Q9H6T3 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
RPAP3Q9H6T3 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
RPAP3Q9H6T3 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
RPAP3Q9H6T3 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
RPAP3Q9H6T3 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
RPAP3Q9H6T3 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
RPAP3Q9H6T3 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
RPAP3Q9H6T3 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
RPAP3Q9H6T3 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
RPAP3Q9H6T3 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
RPAP3Q9H6T3 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
RPAP3Q9H6T3 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
RPAP3Q9H6T3 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
RPAP3Q9H6T3 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
RPAP3Q9H6T3 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
RPAP3Q9H6T3 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
RPAP3Q9H6T3 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC28.62■■■□□ 2.17
RPAP3Q9H6T3 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
RPAP3Q9H6T3 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
RPAP3Q9H6T3 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms