Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
HOXD3P31249 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXD3P31249 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC19■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.9 ms