Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SHOX2O60902 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SHOX2O60902 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SHOX2O60902 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SHOX2O60902 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SHOX2O60902 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SHOX2O60902 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SHOX2O60902 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SHOX2O60902 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SHOX2O60902 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SHOX2O60902 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SHOX2O60902 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SHOX2O60902 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SHOX2O60902 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SHOX2O60902 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SHOX2O60902 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SHOX2O60902 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SHOX2O60902 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SHOX2O60902 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SHOX2O60902 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SHOX2O60902 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SHOX2O60902 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SHOX2O60902 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
SHOX2O60902 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
SHOX2O60902 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
SHOX2O60902 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
SHOX2O60902 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SHOX2O60902 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SHOX2O60902 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 107.1 ms