Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
HOXD9P28356 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC25.8■■□□□ 1.72
HOXD9P28356 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
HOXD9P28356 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
HOXD9P28356 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
HOXD9P28356 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC25.79■■□□□ 1.72
HOXD9P28356 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXD9P28356 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXD9P28356 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXD9P28356 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXD9P28356 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXD9P28356 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXD9P28356 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
HOXD9P28356 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
HOXD9P28356 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
HOXD9P28356 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
HOXD9P28356 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
HOXD9P28356 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
HOXD9P28356 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
HOXD9P28356 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.71
HOXD9P28356 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC25.65■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
HOXD9P28356 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
HOXD9P28356 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
HOXD9P28356 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC25.63■■□□□ 1.69
HOXD9P28356 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
HOXD9P28356 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
HOXD9P28356 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
HOXD9P28356 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
HOXD9P28356 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
HOXD9P28356 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
HOXD9P28356 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC25.62■■□□□ 1.69
HOXD9P28356 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
HOXD9P28356 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
HOXD9P28356 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
HOXD9P28356 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
HOXD9P28356 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
HOXD9P28356 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
HOXD9P28356 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
HOXD9P28356 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
HOXD9P28356 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
HOXD9P28356 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
HOXD9P28356 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
HOXD9P28356 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
HOXD9P28356 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXD9P28356 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXD9P28356 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXD9P28356 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXD9P28356 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms