Protein–RNA interactions for Protein: Q96GC9

VMP1, Vacuole membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VMP1Q96GC9 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC23.84■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
VMP1Q96GC9 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
VMP1Q96GC9 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VMP1Q96GC9 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VMP1Q96GC9 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
VMP1Q96GC9 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VMP1Q96GC9 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VMP1Q96GC9 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VMP1Q96GC9 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
VMP1Q96GC9 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
VMP1Q96GC9 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VMP1Q96GC9 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VMP1Q96GC9 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VMP1Q96GC9 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VMP1Q96GC9 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
VMP1Q96GC9 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
VMP1Q96GC9 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
VMP1Q96GC9 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VMP1Q96GC9 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
VMP1Q96GC9 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
VMP1Q96GC9 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
VMP1Q96GC9 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VMP1Q96GC9 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VMP1Q96GC9 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VMP1Q96GC9 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
VMP1Q96GC9 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VMP1Q96GC9 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
VMP1Q96GC9 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VMP1Q96GC9 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VMP1Q96GC9 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
VMP1Q96GC9 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.75■■□□□ 1.39
VMP1Q96GC9 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
VMP1Q96GC9 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VMP1Q96GC9 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
VMP1Q96GC9 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
VMP1Q96GC9 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VMP1Q96GC9 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VMP1Q96GC9 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VMP1Q96GC9 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VMP1Q96GC9 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
VMP1Q96GC9 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
VMP1Q96GC9 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VMP1Q96GC9 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VMP1Q96GC9 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VMP1Q96GC9 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.39
VMP1Q96GC9 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms