Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC47.94■■■■■ 5.27
NPHP3Q7Z494 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC47.93■■■■■ 5.26
NPHP3Q7Z494 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC47.3■■■■■ 5.16
NPHP3Q7Z494 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.85■■■■■ 5.09
NPHP3Q7Z494 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.33■■■■■ 5.01
NPHP3Q7Z494 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC45.92■■■■■ 4.94
NPHP3Q7Z494 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC45.81■■■■■ 4.92
NPHP3Q7Z494 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC45.67■■■■■ 4.9
NPHP3Q7Z494 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC45.66■■■■■ 4.9
NPHP3Q7Z494 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.53■■■■■ 4.88
NPHP3Q7Z494 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC45.48■■■■■ 4.87
NPHP3Q7Z494 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC45.45■■■■■ 4.87
NPHP3Q7Z494 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC45.31■■■■■ 4.84
NPHP3Q7Z494 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC45.27■■■■■ 4.84
NPHP3Q7Z494 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.13■■■■■ 4.82
NPHP3Q7Z494 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.98■■■■■ 4.79
NPHP3Q7Z494 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC44.67■■■■■ 4.74
NPHP3Q7Z494 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC44.64■■■■■ 4.74
NPHP3Q7Z494 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC44.43■■■■■ 4.7
NPHP3Q7Z494 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.33■■■■■ 4.69
NPHP3Q7Z494 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC44.33■■■■■ 4.69
NPHP3Q7Z494 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC44.3■■■■■ 4.68
NPHP3Q7Z494 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC44.27■■■■■ 4.68
NPHP3Q7Z494 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC44.25■■■■■ 4.67
NPHP3Q7Z494 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.2■■■■■ 4.67
NPHP3Q7Z494 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.13■■■■■ 4.65
NPHP3Q7Z494 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC43.96■■■■■ 4.63
NPHP3Q7Z494 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC43.89■■■■■ 4.62
NPHP3Q7Z494 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC43.78■■■■■ 4.6
NPHP3Q7Z494 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC43.74■■■■■ 4.59
NPHP3Q7Z494 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC43.62■■■■■ 4.57
NPHP3Q7Z494 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC43.59■■■■■ 4.57
NPHP3Q7Z494 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.45■■■■■ 4.55
NPHP3Q7Z494 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC43.34■■■■■ 4.53
NPHP3Q7Z494 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.32■■■■■ 4.53
NPHP3Q7Z494 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC43.25■■■■■ 4.51
NPHP3Q7Z494 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC43.24■■■■■ 4.51
NPHP3Q7Z494 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC43.17■■■■■ 4.5
NPHP3Q7Z494 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC43.09■■■■■ 4.49
NPHP3Q7Z494 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.95■■■■■ 4.47
NPHP3Q7Z494 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC42.67■■■■■ 4.42
NPHP3Q7Z494 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC42.61■■■■■ 4.41
NPHP3Q7Z494 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC42.53■■■■■ 4.4
NPHP3Q7Z494 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.41■■■■■ 4.38
NPHP3Q7Z494 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.4■■■■■ 4.38
NPHP3Q7Z494 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC42.35■■■■■ 4.37
NPHP3Q7Z494 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.34■■■■■ 4.37
NPHP3Q7Z494 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC42.32■■■■■ 4.37
NPHP3Q7Z494 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC42.28■■■■■ 4.36
NPHP3Q7Z494 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC42.28■■■■■ 4.36
NPHP3Q7Z494 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC42.25■■■■■ 4.35
NPHP3Q7Z494 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.24■■■■■ 4.35
NPHP3Q7Z494 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC42.16■■■■■ 4.34
NPHP3Q7Z494 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC42.15■■■■■ 4.34
NPHP3Q7Z494 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.13■■■■■ 4.33
NPHP3Q7Z494 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC42.12■■■■■ 4.33
NPHP3Q7Z494 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC42.08■■■■■ 4.33
NPHP3Q7Z494 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC42.08■■■■■ 4.33
NPHP3Q7Z494 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC42.08■■■■■ 4.33
NPHP3Q7Z494 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC42.02■■■■■ 4.32
NPHP3Q7Z494 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC41.93■■■■■ 4.3
NPHP3Q7Z494 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC41.85■■■■■ 4.29
NPHP3Q7Z494 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC41.81■■■■■ 4.28
NPHP3Q7Z494 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.8■■■■■ 4.28
NPHP3Q7Z494 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC41.72■■■■■ 4.27
NPHP3Q7Z494 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.72■■■■■ 4.27
NPHP3Q7Z494 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.66■■■■■ 4.26
NPHP3Q7Z494 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.61■■■■■ 4.25
NPHP3Q7Z494 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.59■■■■■ 4.25
NPHP3Q7Z494 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC41.59■■■■■ 4.25
NPHP3Q7Z494 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41.58■■■■■ 4.25
NPHP3Q7Z494 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC41.57■■■■■ 4.25
NPHP3Q7Z494 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.53■■■■■ 4.24
NPHP3Q7Z494 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41.53■■■■■ 4.24
NPHP3Q7Z494 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC41.51■■■■■ 4.24
NPHP3Q7Z494 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.48■■■■■ 4.23
NPHP3Q7Z494 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC41.48■■■■■ 4.23
NPHP3Q7Z494 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC41.43■■■■■ 4.22
NPHP3Q7Z494 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.4■■■■■ 4.22
NPHP3Q7Z494 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC41.36■■■■■ 4.21
NPHP3Q7Z494 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC41.36■■■■■ 4.21
NPHP3Q7Z494 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC41.35■■■■■ 4.21
NPHP3Q7Z494 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.34■■■■■ 4.21
NPHP3Q7Z494 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.32■■■■■ 4.21
NPHP3Q7Z494 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.3■■■■■ 4.2
NPHP3Q7Z494 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC41.26■■■■■ 4.2
NPHP3Q7Z494 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC41.22■■■■■ 4.19
NPHP3Q7Z494 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC41.18■■■■■ 4.18
NPHP3Q7Z494 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC41.17■■■■■ 4.18
NPHP3Q7Z494 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.16■■■■■ 4.18
NPHP3Q7Z494 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.08■■■■■ 4.17
NPHP3Q7Z494 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.07■■■■■ 4.17
NPHP3Q7Z494 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC41.07■■■■■ 4.17
NPHP3Q7Z494 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC41.06■■■■■ 4.16
NPHP3Q7Z494 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC41.06■■■■■ 4.16
NPHP3Q7Z494 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC41.06■■■■■ 4.16
NPHP3Q7Z494 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.05■■■■■ 4.16
NPHP3Q7Z494 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC41.05■■■■■ 4.16
NPHP3Q7Z494 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.99■■■■■ 4.15
NPHP3Q7Z494 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC40.98■■■■■ 4.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 226.2 ms