Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
SDC1P18827 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC32.08■■■□□ 2.73
SDC1P18827 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC31.6■■■□□ 2.65
SDC1P18827 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC31.52■■■□□ 2.64
SDC1P18827 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC31.47■■■□□ 2.63
SDC1P18827 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.42■■■□□ 2.62
SDC1P18827 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC31.18■■■□□ 2.58
SDC1P18827 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
SDC1P18827 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC30.97■■■□□ 2.55
SDC1P18827 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
SDC1P18827 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC30.84■■■□□ 2.53
SDC1P18827 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
SDC1P18827 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
SDC1P18827 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
SDC1P18827 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC30.21■■■□□ 2.43
SDC1P18827 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC30.19■■■□□ 2.42
SDC1P18827 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.17■■■□□ 2.42
SDC1P18827 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
SDC1P18827 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
SDC1P18827 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
SDC1P18827 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
SDC1P18827 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC29.7■■■□□ 2.34
SDC1P18827 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
SDC1P18827 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SDC1P18827 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
SDC1P18827 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.51■■■□□ 2.31
SDC1P18827 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
SDC1P18827 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
SDC1P18827 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
SDC1P18827 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
SDC1P18827 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SDC1P18827 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SDC1P18827 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
SDC1P18827 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC29.23■■■□□ 2.27
SDC1P18827 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
SDC1P18827 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
SDC1P18827 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
SDC1P18827 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC29.16■■■□□ 2.26
SDC1P18827 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
SDC1P18827 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
SDC1P18827 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
SDC1P18827 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC28.84■■■□□ 2.21
SDC1P18827 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
SDC1P18827 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SDC1P18827 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
SDC1P18827 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
SDC1P18827 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
SDC1P18827 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
SDC1P18827 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SDC1P18827 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
SDC1P18827 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
SDC1P18827 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
SDC1P18827 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
SDC1P18827 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SDC1P18827 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SDC1P18827 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SDC1P18827 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SDC1P18827 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SDC1P18827 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SDC1P18827 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SDC1P18827 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SDC1P18827 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SDC1P18827 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SDC1P18827 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SDC1P18827 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SDC1P18827 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
SDC1P18827 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
SDC1P18827 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SDC1P18827 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SDC1P18827 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SDC1P18827 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SDC1P18827 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
SDC1P18827 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
SDC1P18827 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
SDC1P18827 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
SDC1P18827 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SDC1P18827 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SDC1P18827 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SDC1P18827 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SDC1P18827 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SDC1P18827 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SDC1P18827 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SDC1P18827 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SDC1P18827 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SDC1P18827 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
SDC1P18827 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
SDC1P18827 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC27.73■■■□□ 2.03
SDC1P18827 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
SDC1P18827 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
SDC1P18827 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SDC1P18827 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
SDC1P18827 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC27.67■■■□□ 2.02
SDC1P18827 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
SDC1P18827 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SDC1P18827 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SDC1P18827 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SDC1P18827 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SDC1P18827 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
SDC1P18827 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
SDC1P18827 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.4 ms