Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.59■■■□□ 2.49
USP40Q9NVE5 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
USP40Q9NVE5 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
USP40Q9NVE5 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
USP40Q9NVE5 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
USP40Q9NVE5 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
USP40Q9NVE5 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.57■■■□□ 2.48
USP40Q9NVE5 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
USP40Q9NVE5 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.57■■■□□ 2.48
USP40Q9NVE5 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.57■■■□□ 2.48
USP40Q9NVE5 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
USP40Q9NVE5 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC30.56■■■□□ 2.48
USP40Q9NVE5 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
USP40Q9NVE5 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.55■■■□□ 2.48
USP40Q9NVE5 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC30.54■■■□□ 2.48
USP40Q9NVE5 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC30.54■■■□□ 2.48
USP40Q9NVE5 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC30.54■■■□□ 2.48
USP40Q9NVE5 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC30.54■■■□□ 2.48
USP40Q9NVE5 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC30.54■■■□□ 2.48
USP40Q9NVE5 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
USP40Q9NVE5 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
USP40Q9NVE5 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
USP40Q9NVE5 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC30.53■■■□□ 2.48
USP40Q9NVE5 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
USP40Q9NVE5 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
USP40Q9NVE5 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
USP40Q9NVE5 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.52■■■□□ 2.48
USP40Q9NVE5 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
USP40Q9NVE5 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC30.51■■■□□ 2.47
USP40Q9NVE5 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC30.51■■■□□ 2.47
USP40Q9NVE5 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
USP40Q9NVE5 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
USP40Q9NVE5 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC30.49■■■□□ 2.47
USP40Q9NVE5 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.49■■■□□ 2.47
USP40Q9NVE5 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
USP40Q9NVE5 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
USP40Q9NVE5 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC30.48■■■□□ 2.47
USP40Q9NVE5 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
USP40Q9NVE5 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
USP40Q9NVE5 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
USP40Q9NVE5 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
USP40Q9NVE5 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC30.46■■■□□ 2.47
USP40Q9NVE5 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
USP40Q9NVE5 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC30.46■■■□□ 2.47
USP40Q9NVE5 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
USP40Q9NVE5 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
USP40Q9NVE5 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
USP40Q9NVE5 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.46
USP40Q9NVE5 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.46
USP40Q9NVE5 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC30.44■■■□□ 2.46
USP40Q9NVE5 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.44■■■□□ 2.46
USP40Q9NVE5 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.43■■■□□ 2.46
USP40Q9NVE5 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
USP40Q9NVE5 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
USP40Q9NVE5 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
USP40Q9NVE5 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC30.41■■■□□ 2.46
USP40Q9NVE5 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.41■■■□□ 2.46
USP40Q9NVE5 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
USP40Q9NVE5 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC30.4■■■□□ 2.46
USP40Q9NVE5 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC30.4■■■□□ 2.46
USP40Q9NVE5 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
USP40Q9NVE5 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC30.38■■■□□ 2.45
USP40Q9NVE5 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
USP40Q9NVE5 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
USP40Q9NVE5 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
USP40Q9NVE5 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
USP40Q9NVE5 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC30.36■■■□□ 2.45
USP40Q9NVE5 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
USP40Q9NVE5 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
USP40Q9NVE5 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC30.34■■■□□ 2.45
USP40Q9NVE5 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
USP40Q9NVE5 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC30.34■■■□□ 2.45
USP40Q9NVE5 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.34■■■□□ 2.45
USP40Q9NVE5 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC30.33■■■□□ 2.45
USP40Q9NVE5 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
USP40Q9NVE5 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC30.33■■■□□ 2.45
USP40Q9NVE5 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
USP40Q9NVE5 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.33■■■□□ 2.45
USP40Q9NVE5 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
USP40Q9NVE5 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
USP40Q9NVE5 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC30.32■■■□□ 2.44
USP40Q9NVE5 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC30.32■■■□□ 2.44
USP40Q9NVE5 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC30.31■■■□□ 2.44
USP40Q9NVE5 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
USP40Q9NVE5 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
USP40Q9NVE5 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
USP40Q9NVE5 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC30.3■■■□□ 2.44
USP40Q9NVE5 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC30.3■■■□□ 2.44
USP40Q9NVE5 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
USP40Q9NVE5 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
USP40Q9NVE5 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC30.28■■■□□ 2.44
USP40Q9NVE5 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
USP40Q9NVE5 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC30.28■■■□□ 2.44
USP40Q9NVE5 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC30.27■■■□□ 2.44
USP40Q9NVE5 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC30.27■■■□□ 2.44
USP40Q9NVE5 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC30.26■■■□□ 2.43
USP40Q9NVE5 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC30.26■■■□□ 2.43
USP40Q9NVE5 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC30.25■■■□□ 2.43
USP40Q9NVE5 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC30.25■■■□□ 2.43
USP40Q9NVE5 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC30.25■■■□□ 2.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19 ms