Protein–RNA interactions for Protein: Q96K76

USP47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, humanhuman

Predictions only

Length 1,375 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP47Q96K76 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC35.98■■■■□ 3.35
USP47Q96K76 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
USP47Q96K76 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.97■■■■□ 3.35
USP47Q96K76 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.97■■■■□ 3.35
USP47Q96K76 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC35.97■■■■□ 3.35
USP47Q96K76 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.97■■■■□ 3.35
USP47Q96K76 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC35.96■■■■□ 3.35
USP47Q96K76 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC35.96■■■■□ 3.35
USP47Q96K76 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC35.96■■■■□ 3.35
USP47Q96K76 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.96■■■■□ 3.35
USP47Q96K76 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC35.96■■■■□ 3.35
USP47Q96K76 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.35
USP47Q96K76 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC35.95■■■■□ 3.35
USP47Q96K76 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC35.95■■■■□ 3.35
USP47Q96K76 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC35.95■■■■□ 3.35
USP47Q96K76 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
USP47Q96K76 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
USP47Q96K76 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
USP47Q96K76 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC35.93■■■■□ 3.34
USP47Q96K76 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
USP47Q96K76 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
USP47Q96K76 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
USP47Q96K76 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.92■■■■□ 3.34
USP47Q96K76 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC35.92■■■■□ 3.34
USP47Q96K76 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.92■■■■□ 3.34
USP47Q96K76 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.91■■■■□ 3.34
USP47Q96K76 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
USP47Q96K76 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
USP47Q96K76 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC35.91■■■■□ 3.34
USP47Q96K76 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC35.9■■■■□ 3.34
USP47Q96K76 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.9■■■■□ 3.34
USP47Q96K76 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC35.89■■■■□ 3.34
USP47Q96K76 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
USP47Q96K76 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
USP47Q96K76 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.87■■■■□ 3.33
USP47Q96K76 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
USP47Q96K76 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
USP47Q96K76 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
USP47Q96K76 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
USP47Q96K76 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC35.86■■■■□ 3.33
USP47Q96K76 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
USP47Q96K76 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
USP47Q96K76 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC35.85■■■■□ 3.33
USP47Q96K76 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC35.85■■■■□ 3.33
USP47Q96K76 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.85■■■■□ 3.33
USP47Q96K76 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC35.84■■■■□ 3.33
USP47Q96K76 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
USP47Q96K76 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
USP47Q96K76 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
USP47Q96K76 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.83■■■■□ 3.33
USP47Q96K76 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC35.82■■■■□ 3.32
USP47Q96K76 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC35.82■■■■□ 3.32
USP47Q96K76 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC35.8■■■■□ 3.32
USP47Q96K76 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.8■■■■□ 3.32
USP47Q96K76 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC35.8■■■■□ 3.32
USP47Q96K76 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.8■■■■□ 3.32
USP47Q96K76 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC35.79■■■■□ 3.32
USP47Q96K76 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.78■■■■□ 3.32
USP47Q96K76 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.78■■■■□ 3.32
USP47Q96K76 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC35.77■■■■□ 3.32
USP47Q96K76 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC35.77■■■■□ 3.32
USP47Q96K76 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.77■■■■□ 3.32
USP47Q96K76 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.32
USP47Q96K76 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.31
USP47Q96K76 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC35.76■■■■□ 3.31
USP47Q96K76 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.31
USP47Q96K76 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC35.75■■■■□ 3.31
USP47Q96K76 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
USP47Q96K76 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC35.73■■■■□ 3.31
USP47Q96K76 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
USP47Q96K76 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
USP47Q96K76 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.72■■■■□ 3.31
USP47Q96K76 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
USP47Q96K76 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.71■■■■□ 3.31
USP47Q96K76 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.31
USP47Q96K76 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC35.7■■■■□ 3.31
USP47Q96K76 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
USP47Q96K76 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
USP47Q96K76 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
USP47Q96K76 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
USP47Q96K76 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
USP47Q96K76 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
USP47Q96K76 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC35.68■■■■□ 3.3
USP47Q96K76 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.67■■■■□ 3.3
USP47Q96K76 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC35.67■■■■□ 3.3
USP47Q96K76 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC35.67■■■■□ 3.3
USP47Q96K76 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC35.66■■■■□ 3.3
USP47Q96K76 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC35.66■■■■□ 3.3
USP47Q96K76 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.66■■■■□ 3.3
USP47Q96K76 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
USP47Q96K76 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
USP47Q96K76 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
USP47Q96K76 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC35.65■■■■□ 3.3
USP47Q96K76 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
USP47Q96K76 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
USP47Q96K76 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC35.64■■■■□ 3.3
USP47Q96K76 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
USP47Q96K76 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
USP47Q96K76 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
USP47Q96K76 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC35.63■■■■□ 3.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.7 ms