Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

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Length 179 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC25.65■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
HDDC3Q8N4P3 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
HDDC3Q8N4P3 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
HDDC3Q8N4P3 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
HDDC3Q8N4P3 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
HDDC3Q8N4P3 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
HDDC3Q8N4P3 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC25.54■■□□□ 1.68
HDDC3Q8N4P3 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
HDDC3Q8N4P3 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
HDDC3Q8N4P3 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
HDDC3Q8N4P3 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
HDDC3Q8N4P3 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
HDDC3Q8N4P3 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
HDDC3Q8N4P3 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
HDDC3Q8N4P3 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
HDDC3Q8N4P3 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
HDDC3Q8N4P3 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
HDDC3Q8N4P3 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
HDDC3Q8N4P3 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
HDDC3Q8N4P3 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
HDDC3Q8N4P3 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HDDC3Q8N4P3 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HDDC3Q8N4P3 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.51■■□□□ 1.67
HDDC3Q8N4P3 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HDDC3Q8N4P3 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
HDDC3Q8N4P3 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
HDDC3Q8N4P3 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
HDDC3Q8N4P3 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
HDDC3Q8N4P3 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
HDDC3Q8N4P3 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
HDDC3Q8N4P3 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
HDDC3Q8N4P3 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
HDDC3Q8N4P3 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
HDDC3Q8N4P3 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
HDDC3Q8N4P3 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
HDDC3Q8N4P3 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
HDDC3Q8N4P3 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
HDDC3Q8N4P3 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
HDDC3Q8N4P3 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
HDDC3Q8N4P3 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
HDDC3Q8N4P3 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
HDDC3Q8N4P3 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
HDDC3Q8N4P3 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
HDDC3Q8N4P3 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
HDDC3Q8N4P3 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
HDDC3Q8N4P3 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC25.45■■□□□ 1.66
HDDC3Q8N4P3 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
HDDC3Q8N4P3 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
HDDC3Q8N4P3 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
HDDC3Q8N4P3 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
HDDC3Q8N4P3 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
HDDC3Q8N4P3 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HDDC3Q8N4P3 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HDDC3Q8N4P3 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
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