Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
USF3Q68DE3 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USF3Q68DE3 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USF3Q68DE3 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USF3Q68DE3 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USF3Q68DE3 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USF3Q68DE3 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USF3Q68DE3 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USF3Q68DE3 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USF3Q68DE3 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USF3Q68DE3 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USF3Q68DE3 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
USF3Q68DE3 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USF3Q68DE3 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USF3Q68DE3 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USF3Q68DE3 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USF3Q68DE3 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USF3Q68DE3 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USF3Q68DE3 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USF3Q68DE3 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USF3Q68DE3 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USF3Q68DE3 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
USF3Q68DE3 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
USF3Q68DE3 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
USF3Q68DE3 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USF3Q68DE3 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USF3Q68DE3 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USF3Q68DE3 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USF3Q68DE3 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USF3Q68DE3 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USF3Q68DE3 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USF3Q68DE3 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USF3Q68DE3 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USF3Q68DE3 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USF3Q68DE3 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USF3Q68DE3 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USF3Q68DE3 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USF3Q68DE3 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
USF3Q68DE3 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USF3Q68DE3 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USF3Q68DE3 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USF3Q68DE3 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USF3Q68DE3 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USF3Q68DE3 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USF3Q68DE3 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USF3Q68DE3 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USF3Q68DE3 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USF3Q68DE3 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USF3Q68DE3 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USF3Q68DE3 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USF3Q68DE3 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USF3Q68DE3 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USF3Q68DE3 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USF3Q68DE3 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USF3Q68DE3 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USF3Q68DE3 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USF3Q68DE3 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USF3Q68DE3 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USF3Q68DE3 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USF3Q68DE3 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USF3Q68DE3 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.15
USF3Q68DE3 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
USF3Q68DE3 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.14
USF3Q68DE3 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USF3Q68DE3 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USF3Q68DE3 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USF3Q68DE3 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USF3Q68DE3 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USF3Q68DE3 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USF3Q68DE3 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USF3Q68DE3 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USF3Q68DE3 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USF3Q68DE3 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.9 ms