Protein–RNA interactions for Protein: A6NMZ7

COL6A6, Collagen alpha-6(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,263 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A6A6NMZ7 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL6A6A6NMZ7 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL6A6A6NMZ7 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL6A6A6NMZ7 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL6A6A6NMZ7 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL6A6A6NMZ7 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL6A6A6NMZ7 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
COL6A6A6NMZ7 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL6A6A6NMZ7 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL6A6A6NMZ7 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
COL6A6A6NMZ7 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC24■■□□□ 1.43
COL6A6A6NMZ7 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL6A6A6NMZ7 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL6A6A6NMZ7 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL6A6A6NMZ7 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL6A6A6NMZ7 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL6A6A6NMZ7 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL6A6A6NMZ7 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL6A6A6NMZ7 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL6A6A6NMZ7 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL6A6A6NMZ7 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL6A6A6NMZ7 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL6A6A6NMZ7 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL6A6A6NMZ7 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL6A6A6NMZ7 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.43
COL6A6A6NMZ7 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
COL6A6A6NMZ7 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.43
COL6A6A6NMZ7 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A6A6NMZ7 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A6A6NMZ7 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A6A6NMZ7 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A6A6NMZ7 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A6A6NMZ7 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A6A6NMZ7 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A6A6NMZ7 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A6A6NMZ7 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
COL6A6A6NMZ7 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL6A6A6NMZ7 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL6A6A6NMZ7 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL6A6A6NMZ7 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
COL6A6A6NMZ7 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL6A6A6NMZ7 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC23.89■■□□□ 1.42
COL6A6A6NMZ7 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC23.89■■□□□ 1.42
COL6A6A6NMZ7 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A6A6NMZ7 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A6A6NMZ7 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A6A6NMZ7 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A6A6NMZ7 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A6A6NMZ7 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A6A6NMZ7 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A6A6NMZ7 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A6A6NMZ7 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A6A6NMZ7 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A6A6NMZ7 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A6A6NMZ7 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A6A6NMZ7 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A6A6NMZ7 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A6A6NMZ7 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A6A6NMZ7 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A6A6NMZ7 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A6A6NMZ7 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
COL6A6A6NMZ7 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL6A6A6NMZ7 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL6A6A6NMZ7 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL6A6A6NMZ7 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A6A6NMZ7 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A6A6NMZ7 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A6A6NMZ7 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A6A6NMZ7 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A6A6NMZ7 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A6A6NMZ7 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A6A6NMZ7 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A6A6NMZ7 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A6A6NMZ7 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A6A6NMZ7 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL6A6A6NMZ7 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL6A6A6NMZ7 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL6A6A6NMZ7 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL6A6A6NMZ7 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL6A6A6NMZ7 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL6A6A6NMZ7 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL6A6A6NMZ7 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL6A6A6NMZ7 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL6A6A6NMZ7 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL6A6A6NMZ7 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL6A6A6NMZ7 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL6A6A6NMZ7 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL6A6A6NMZ7 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL6A6A6NMZ7 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL6A6A6NMZ7 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A6A6NMZ7 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL6A6A6NMZ7 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
COL6A6A6NMZ7 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL6A6A6NMZ7 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL6A6A6NMZ7 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL6A6A6NMZ7 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
COL6A6A6NMZ7 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL6A6A6NMZ7 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL6A6A6NMZ7 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL6A6A6NMZ7 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 140.2 ms