Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
KLHL28Q9NXS3 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
KLHL28Q9NXS3 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
KLHL28Q9NXS3 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
KLHL28Q9NXS3 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
KLHL28Q9NXS3 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
KLHL28Q9NXS3 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
KLHL28Q9NXS3 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
KLHL28Q9NXS3 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
KLHL28Q9NXS3 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
KLHL28Q9NXS3 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
KLHL28Q9NXS3 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
KLHL28Q9NXS3 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
KLHL28Q9NXS3 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
KLHL28Q9NXS3 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
KLHL28Q9NXS3 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
KLHL28Q9NXS3 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
KLHL28Q9NXS3 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
KLHL28Q9NXS3 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
KLHL28Q9NXS3 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
KLHL28Q9NXS3 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
KLHL28Q9NXS3 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
KLHL28Q9NXS3 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
KLHL28Q9NXS3 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
KLHL28Q9NXS3 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
KLHL28Q9NXS3 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
KLHL28Q9NXS3 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
KLHL28Q9NXS3 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
KLHL28Q9NXS3 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
KLHL28Q9NXS3 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
KLHL28Q9NXS3 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
KLHL28Q9NXS3 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
KLHL28Q9NXS3 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
KLHL28Q9NXS3 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
KLHL28Q9NXS3 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
KLHL28Q9NXS3 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
KLHL28Q9NXS3 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
KLHL28Q9NXS3 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
KLHL28Q9NXS3 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
KLHL28Q9NXS3 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
KLHL28Q9NXS3 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
KLHL28Q9NXS3 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
KLHL28Q9NXS3 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
KLHL28Q9NXS3 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
KLHL28Q9NXS3 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
KLHL28Q9NXS3 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
KLHL28Q9NXS3 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
KLHL28Q9NXS3 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC24.2■■□□□ 1.47
KLHL28Q9NXS3 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
KLHL28Q9NXS3 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
KLHL28Q9NXS3 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
KLHL28Q9NXS3 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
KLHL28Q9NXS3 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
KLHL28Q9NXS3 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
KLHL28Q9NXS3 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
KLHL28Q9NXS3 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
KLHL28Q9NXS3 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
KLHL28Q9NXS3 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
KLHL28Q9NXS3 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
KLHL28Q9NXS3 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
KLHL28Q9NXS3 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
KLHL28Q9NXS3 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
KLHL28Q9NXS3 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
KLHL28Q9NXS3 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
KLHL28Q9NXS3 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
KLHL28Q9NXS3 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
KLHL28Q9NXS3 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
KLHL28Q9NXS3 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
KLHL28Q9NXS3 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
KLHL28Q9NXS3 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.7 ms