Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
EXOSC4Q9NPD3 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
EXOSC4Q9NPD3 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
EXOSC4Q9NPD3 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
EXOSC4Q9NPD3 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
EXOSC4Q9NPD3 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
EXOSC4Q9NPD3 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
EXOSC4Q9NPD3 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
EXOSC4Q9NPD3 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
EXOSC4Q9NPD3 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
EXOSC4Q9NPD3 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
EXOSC4Q9NPD3 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
EXOSC4Q9NPD3 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
EXOSC4Q9NPD3 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
EXOSC4Q9NPD3 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
EXOSC4Q9NPD3 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
EXOSC4Q9NPD3 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
EXOSC4Q9NPD3 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
EXOSC4Q9NPD3 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
EXOSC4Q9NPD3 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
EXOSC4Q9NPD3 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
EXOSC4Q9NPD3 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
EXOSC4Q9NPD3 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
EXOSC4Q9NPD3 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
EXOSC4Q9NPD3 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
EXOSC4Q9NPD3 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
EXOSC4Q9NPD3 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
EXOSC4Q9NPD3 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
EXOSC4Q9NPD3 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
EXOSC4Q9NPD3 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
EXOSC4Q9NPD3 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
EXOSC4Q9NPD3 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
EXOSC4Q9NPD3 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
EXOSC4Q9NPD3 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
EXOSC4Q9NPD3 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
EXOSC4Q9NPD3 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
EXOSC4Q9NPD3 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
EXOSC4Q9NPD3 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
EXOSC4Q9NPD3 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
EXOSC4Q9NPD3 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
EXOSC4Q9NPD3 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
EXOSC4Q9NPD3 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
EXOSC4Q9NPD3 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
EXOSC4Q9NPD3 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
EXOSC4Q9NPD3 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
EXOSC4Q9NPD3 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
EXOSC4Q9NPD3 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
EXOSC4Q9NPD3 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
EXOSC4Q9NPD3 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
EXOSC4Q9NPD3 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
EXOSC4Q9NPD3 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
EXOSC4Q9NPD3 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
EXOSC4Q9NPD3 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
EXOSC4Q9NPD3 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
EXOSC4Q9NPD3 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
EXOSC4Q9NPD3 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
EXOSC4Q9NPD3 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
EXOSC4Q9NPD3 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
EXOSC4Q9NPD3 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
EXOSC4Q9NPD3 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC23.39■■□□□ 1.34
EXOSC4Q9NPD3 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
EXOSC4Q9NPD3 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
EXOSC4Q9NPD3 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
EXOSC4Q9NPD3 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
EXOSC4Q9NPD3 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
EXOSC4Q9NPD3 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
EXOSC4Q9NPD3 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
EXOSC4Q9NPD3 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
EXOSC4Q9NPD3 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
EXOSC4Q9NPD3 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
EXOSC4Q9NPD3 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
EXOSC4Q9NPD3 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
EXOSC4Q9NPD3 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
EXOSC4Q9NPD3 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
EXOSC4Q9NPD3 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
EXOSC4Q9NPD3 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
EXOSC4Q9NPD3 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
EXOSC4Q9NPD3 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
EXOSC4Q9NPD3 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
EXOSC4Q9NPD3 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
EXOSC4Q9NPD3 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
EXOSC4Q9NPD3 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
EXOSC4Q9NPD3 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
EXOSC4Q9NPD3 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
EXOSC4Q9NPD3 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
EXOSC4Q9NPD3 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
EXOSC4Q9NPD3 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
EXOSC4Q9NPD3 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
EXOSC4Q9NPD3 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
EXOSC4Q9NPD3 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
EXOSC4Q9NPD3 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
EXOSC4Q9NPD3 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
EXOSC4Q9NPD3 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
EXOSC4Q9NPD3 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
EXOSC4Q9NPD3 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
EXOSC4Q9NPD3 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
EXOSC4Q9NPD3 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
EXOSC4Q9NPD3 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
EXOSC4Q9NPD3 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
EXOSC4Q9NPD3 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.9 ms