Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF540Q8NDQ6 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
ZNF540Q8NDQ6 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
ZNF540Q8NDQ6 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
ZNF540Q8NDQ6 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
ZNF540Q8NDQ6 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
ZNF540Q8NDQ6 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
ZNF540Q8NDQ6 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
ZNF540Q8NDQ6 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
ZNF540Q8NDQ6 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
ZNF540Q8NDQ6 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
ZNF540Q8NDQ6 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
ZNF540Q8NDQ6 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
ZNF540Q8NDQ6 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
ZNF540Q8NDQ6 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
ZNF540Q8NDQ6 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
ZNF540Q8NDQ6 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
ZNF540Q8NDQ6 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
ZNF540Q8NDQ6 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
ZNF540Q8NDQ6 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
ZNF540Q8NDQ6 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
ZNF540Q8NDQ6 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
ZNF540Q8NDQ6 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
ZNF540Q8NDQ6 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
ZNF540Q8NDQ6 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
ZNF540Q8NDQ6 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
ZNF540Q8NDQ6 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
ZNF540Q8NDQ6 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
ZNF540Q8NDQ6 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
ZNF540Q8NDQ6 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
ZNF540Q8NDQ6 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
ZNF540Q8NDQ6 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.01■■□□□ 1.43
ZNF540Q8NDQ6 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
ZNF540Q8NDQ6 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
ZNF540Q8NDQ6 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
ZNF540Q8NDQ6 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
ZNF540Q8NDQ6 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
ZNF540Q8NDQ6 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
ZNF540Q8NDQ6 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
ZNF540Q8NDQ6 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
ZNF540Q8NDQ6 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
ZNF540Q8NDQ6 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
ZNF540Q8NDQ6 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
ZNF540Q8NDQ6 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
ZNF540Q8NDQ6 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
ZNF540Q8NDQ6 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
ZNF540Q8NDQ6 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
ZNF540Q8NDQ6 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
ZNF540Q8NDQ6 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
ZNF540Q8NDQ6 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
ZNF540Q8NDQ6 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
ZNF540Q8NDQ6 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC23.94■■□□□ 1.42
ZNF540Q8NDQ6 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
ZNF540Q8NDQ6 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
ZNF540Q8NDQ6 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
ZNF540Q8NDQ6 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
ZNF540Q8NDQ6 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
ZNF540Q8NDQ6 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
ZNF540Q8NDQ6 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
ZNF540Q8NDQ6 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
ZNF540Q8NDQ6 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
ZNF540Q8NDQ6 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
ZNF540Q8NDQ6 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
ZNF540Q8NDQ6 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
ZNF540Q8NDQ6 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
ZNF540Q8NDQ6 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
ZNF540Q8NDQ6 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.9■■□□□ 1.42
ZNF540Q8NDQ6 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
ZNF540Q8NDQ6 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
ZNF540Q8NDQ6 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
ZNF540Q8NDQ6 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
ZNF540Q8NDQ6 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
ZNF540Q8NDQ6 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.4 ms