Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
PDLIM3Q53GG5 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
PDLIM3Q53GG5 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.5■■□□□ 1.03
PDLIM3Q53GG5 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
PDLIM3Q53GG5 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
PDLIM3Q53GG5 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
PDLIM3Q53GG5 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
PDLIM3Q53GG5 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
PDLIM3Q53GG5 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
PDLIM3Q53GG5 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
PDLIM3Q53GG5 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
PDLIM3Q53GG5 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
PDLIM3Q53GG5 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
PDLIM3Q53GG5 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
PDLIM3Q53GG5 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
PDLIM3Q53GG5 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
PDLIM3Q53GG5 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
PDLIM3Q53GG5 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
PDLIM3Q53GG5 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
PDLIM3Q53GG5 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
PDLIM3Q53GG5 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
PDLIM3Q53GG5 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
PDLIM3Q53GG5 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
PDLIM3Q53GG5 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
PDLIM3Q53GG5 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
PDLIM3Q53GG5 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
PDLIM3Q53GG5 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
PDLIM3Q53GG5 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
PDLIM3Q53GG5 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
PDLIM3Q53GG5 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
PDLIM3Q53GG5 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
PDLIM3Q53GG5 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
PDLIM3Q53GG5 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
PDLIM3Q53GG5 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
PDLIM3Q53GG5 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC21.42■■□□□ 1.02
PDLIM3Q53GG5 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
PDLIM3Q53GG5 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
PDLIM3Q53GG5 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
PDLIM3Q53GG5 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
PDLIM3Q53GG5 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
PDLIM3Q53GG5 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
PDLIM3Q53GG5 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
PDLIM3Q53GG5 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
PDLIM3Q53GG5 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
PDLIM3Q53GG5 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.02
PDLIM3Q53GG5 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
PDLIM3Q53GG5 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
PDLIM3Q53GG5 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
PDLIM3Q53GG5 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
PDLIM3Q53GG5 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
PDLIM3Q53GG5 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
PDLIM3Q53GG5 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
PDLIM3Q53GG5 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
PDLIM3Q53GG5 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
PDLIM3Q53GG5 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
PDLIM3Q53GG5 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
PDLIM3Q53GG5 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
PDLIM3Q53GG5 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
PDLIM3Q53GG5 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
PDLIM3Q53GG5 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
PDLIM3Q53GG5 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
PDLIM3Q53GG5 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
PDLIM3Q53GG5 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
PDLIM3Q53GG5 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
PDLIM3Q53GG5 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
PDLIM3Q53GG5 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
PDLIM3Q53GG5 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
PDLIM3Q53GG5 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
PDLIM3Q53GG5 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
PDLIM3Q53GG5 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
PDLIM3Q53GG5 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
PDLIM3Q53GG5 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC21.31■■□□□ 1
PDLIM3Q53GG5 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
PDLIM3Q53GG5 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PDLIM3Q53GG5 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PDLIM3Q53GG5 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PDLIM3Q53GG5 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PDLIM3Q53GG5 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
PDLIM3Q53GG5 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PDLIM3Q53GG5 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PDLIM3Q53GG5 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PDLIM3Q53GG5 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
PDLIM3Q53GG5 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
PDLIM3Q53GG5 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
PDLIM3Q53GG5 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
PDLIM3Q53GG5 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC21.27■■□□□ 1
PDLIM3Q53GG5 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
PDLIM3Q53GG5 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
PDLIM3Q53GG5 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
PDLIM3Q53GG5 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
PDLIM3Q53GG5 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
PDLIM3Q53GG5 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
PDLIM3Q53GG5 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
PDLIM3Q53GG5 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
PDLIM3Q53GG5 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
PDLIM3Q53GG5 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
PDLIM3Q53GG5 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
PDLIM3Q53GG5 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
PDLIM3Q53GG5 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
PDLIM3Q53GG5 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
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