Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL6A3P12111 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL6A3P12111 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
COL6A3P12111 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.19
COL6A3P12111 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
COL6A3P12111 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
COL6A3P12111 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC28.7■■■□□ 2.18
COL6A3P12111 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.18
COL6A3P12111 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
COL6A3P12111 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL6A3P12111 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
COL6A3P12111 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL6A3P12111 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL6A3P12111 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL6A3P12111 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL6A3P12111 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL6A3P12111 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL6A3P12111 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL6A3P12111 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
COL6A3P12111 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL6A3P12111 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
COL6A3P12111 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC28.65■■■□□ 2.18
COL6A3P12111 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
COL6A3P12111 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
COL6A3P12111 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
COL6A3P12111 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
COL6A3P12111 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
COL6A3P12111 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
COL6A3P12111 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
COL6A3P12111 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
COL6A3P12111 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL6A3P12111 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL6A3P12111 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL6A3P12111 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL6A3P12111 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL6A3P12111 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL6A3P12111 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL6A3P12111 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL6A3P12111 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL6A3P12111 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL6A3P12111 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL6A3P12111 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL6A3P12111 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL6A3P12111 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL6A3P12111 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL6A3P12111 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL6A3P12111 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL6A3P12111 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL6A3P12111 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL6A3P12111 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL6A3P12111 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL6A3P12111 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL6A3P12111 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL6A3P12111 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL6A3P12111 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL6A3P12111 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL6A3P12111 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL6A3P12111 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL6A3P12111 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL6A3P12111 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL6A3P12111 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
COL6A3P12111 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL6A3P12111 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL6A3P12111 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
COL6A3P12111 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL6A3P12111 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL6A3P12111 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
COL6A3P12111 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL6A3P12111 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL6A3P12111 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL6A3P12111 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.13
COL6A3P12111 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
COL6A3P12111 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC28.39■■■□□ 2.13
COL6A3P12111 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
COL6A3P12111 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL6A3P12111 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL6A3P12111 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
COL6A3P12111 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
COL6A3P12111 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL6A3P12111 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL6A3P12111 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL6A3P12111 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
COL6A3P12111 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL6A3P12111 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
COL6A3P12111 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL6A3P12111 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL6A3P12111 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL6A3P12111 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL6A3P12111 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL6A3P12111 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL6A3P12111 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL6A3P12111 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL6A3P12111 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL6A3P12111 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL6A3P12111 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL6A3P12111 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL6A3P12111 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL6A3P12111 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL6A3P12111 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL6A3P12111 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.2 ms