Protein–RNA interactions for Protein: O60663

LMX1B, LIM homeobox transcription factor 1-beta, humanhuman

Predictions only

Length 402 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMX1BO60663 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LMX1BO60663 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LMX1BO60663 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LMX1BO60663 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LMX1BO60663 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LMX1BO60663 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LMX1BO60663 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LMX1BO60663 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LMX1BO60663 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
LMX1BO60663 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LMX1BO60663 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
LMX1BO60663 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LMX1BO60663 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LMX1BO60663 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LMX1BO60663 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LMX1BO60663 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LMX1BO60663 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LMX1BO60663 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LMX1BO60663 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LMX1BO60663 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LMX1BO60663 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LMX1BO60663 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LMX1BO60663 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LMX1BO60663 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LMX1BO60663 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LMX1BO60663 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LMX1BO60663 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LMX1BO60663 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LMX1BO60663 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LMX1BO60663 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LMX1BO60663 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LMX1BO60663 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LMX1BO60663 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LMX1BO60663 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LMX1BO60663 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LMX1BO60663 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LMX1BO60663 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
LMX1BO60663 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
LMX1BO60663 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LMX1BO60663 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LMX1BO60663 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LMX1BO60663 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LMX1BO60663 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LMX1BO60663 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LMX1BO60663 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LMX1BO60663 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LMX1BO60663 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LMX1BO60663 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LMX1BO60663 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LMX1BO60663 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LMX1BO60663 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LMX1BO60663 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LMX1BO60663 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LMX1BO60663 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LMX1BO60663 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LMX1BO60663 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LMX1BO60663 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LMX1BO60663 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LMX1BO60663 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LMX1BO60663 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LMX1BO60663 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LMX1BO60663 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
LMX1BO60663 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LMX1BO60663 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LMX1BO60663 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LMX1BO60663 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LMX1BO60663 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LMX1BO60663 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LMX1BO60663 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LMX1BO60663 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LMX1BO60663 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.5 ms