Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
CCDC39Q9UFE4 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
CCDC39Q9UFE4 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.52■■■□□ 2.48
CCDC39Q9UFE4 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
CCDC39Q9UFE4 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
CCDC39Q9UFE4 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
CCDC39Q9UFE4 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
CCDC39Q9UFE4 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
CCDC39Q9UFE4 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC30.48■■■□□ 2.47
CCDC39Q9UFE4 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
CCDC39Q9UFE4 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
CCDC39Q9UFE4 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
CCDC39Q9UFE4 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC30.45■■■□□ 2.47
CCDC39Q9UFE4 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC30.45■■■□□ 2.47
CCDC39Q9UFE4 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
CCDC39Q9UFE4 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC30.43■■■□□ 2.46
CCDC39Q9UFE4 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
CCDC39Q9UFE4 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
CCDC39Q9UFE4 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
CCDC39Q9UFE4 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.41■■■□□ 2.46
CCDC39Q9UFE4 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
CCDC39Q9UFE4 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
CCDC39Q9UFE4 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30.4■■■□□ 2.46
CCDC39Q9UFE4 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC30.4■■■□□ 2.46
CCDC39Q9UFE4 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC30.39■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.34■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC30.33■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC30.33■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.31■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC30.26■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.26■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC30.26■■■□□ 2.43
CCDC39Q9UFE4 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC30.25■■■□□ 2.43
CCDC39Q9UFE4 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
CCDC39Q9UFE4 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
CCDC39Q9UFE4 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
CCDC39Q9UFE4 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
CCDC39Q9UFE4 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
CCDC39Q9UFE4 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
CCDC39Q9UFE4 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC30.22■■■□□ 2.43
CCDC39Q9UFE4 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
CCDC39Q9UFE4 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
CCDC39Q9UFE4 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
CCDC39Q9UFE4 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.2■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC30.11■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC30.1■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC30.1■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC30.09■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC30.09■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC30.09■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms