Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
RPUSD4Q96CM3 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
RPUSD4Q96CM3 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
RPUSD4Q96CM3 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
RPUSD4Q96CM3 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
RPUSD4Q96CM3 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
RPUSD4Q96CM3 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
RPUSD4Q96CM3 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
RPUSD4Q96CM3 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
RPUSD4Q96CM3 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
RPUSD4Q96CM3 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
RPUSD4Q96CM3 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC20.92■□□□□ 0.94
RPUSD4Q96CM3 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
RPUSD4Q96CM3 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
RPUSD4Q96CM3 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
RPUSD4Q96CM3 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
RPUSD4Q96CM3 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
RPUSD4Q96CM3 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
RPUSD4Q96CM3 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
RPUSD4Q96CM3 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
RPUSD4Q96CM3 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
RPUSD4Q96CM3 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC20.84■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
RPUSD4Q96CM3 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
RPUSD4Q96CM3 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
RPUSD4Q96CM3 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
RPUSD4Q96CM3 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
RPUSD4Q96CM3 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC20.81■□□□□ 0.92
RPUSD4Q96CM3 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
RPUSD4Q96CM3 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
RPUSD4Q96CM3 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
RPUSD4Q96CM3 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
RPUSD4Q96CM3 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
RPUSD4Q96CM3 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
RPUSD4Q96CM3 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
RPUSD4Q96CM3 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
RPUSD4Q96CM3 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
RPUSD4Q96CM3 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
RPUSD4Q96CM3 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC20.79■□□□□ 0.92
RPUSD4Q96CM3 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
RPUSD4Q96CM3 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
RPUSD4Q96CM3 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
RPUSD4Q96CM3 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
RPUSD4Q96CM3 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
RPUSD4Q96CM3 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
RPUSD4Q96CM3 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
RPUSD4Q96CM3 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
RPUSD4Q96CM3 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
RPUSD4Q96CM3 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
RPUSD4Q96CM3 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
RPUSD4Q96CM3 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
RPUSD4Q96CM3 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
RPUSD4Q96CM3 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
RPUSD4Q96CM3 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
RPUSD4Q96CM3 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
RPUSD4Q96CM3 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
RPUSD4Q96CM3 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
RPUSD4Q96CM3 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
RPUSD4Q96CM3 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
RPUSD4Q96CM3 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
RPUSD4Q96CM3 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
RPUSD4Q96CM3 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
RPUSD4Q96CM3 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
RPUSD4Q96CM3 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
RPUSD4Q96CM3 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
RPUSD4Q96CM3 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
RPUSD4Q96CM3 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
RPUSD4Q96CM3 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
RPUSD4Q96CM3 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
RPUSD4Q96CM3 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
RPUSD4Q96CM3 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
RPUSD4Q96CM3 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
RPUSD4Q96CM3 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
RPUSD4Q96CM3 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.1 ms