Protein–RNA interactions for Protein: Q9BT23

LIMD2, LIM domain-containing protein 2, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD2Q9BT23 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMD2Q9BT23 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMD2Q9BT23 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMD2Q9BT23 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LIMD2Q9BT23 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LIMD2Q9BT23 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
LIMD2Q9BT23 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LIMD2Q9BT23 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LIMD2Q9BT23 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
LIMD2Q9BT23 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
LIMD2Q9BT23 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
LIMD2Q9BT23 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
LIMD2Q9BT23 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
LIMD2Q9BT23 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
LIMD2Q9BT23 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LIMD2Q9BT23 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LIMD2Q9BT23 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
LIMD2Q9BT23 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
LIMD2Q9BT23 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LIMD2Q9BT23 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
LIMD2Q9BT23 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
LIMD2Q9BT23 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
LIMD2Q9BT23 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
LIMD2Q9BT23 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
LIMD2Q9BT23 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
LIMD2Q9BT23 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
LIMD2Q9BT23 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
LIMD2Q9BT23 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
LIMD2Q9BT23 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
LIMD2Q9BT23 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
LIMD2Q9BT23 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
LIMD2Q9BT23 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
LIMD2Q9BT23 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
LIMD2Q9BT23 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
LIMD2Q9BT23 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LIMD2Q9BT23 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LIMD2Q9BT23 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LIMD2Q9BT23 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
LIMD2Q9BT23 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LIMD2Q9BT23 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
LIMD2Q9BT23 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
LIMD2Q9BT23 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
LIMD2Q9BT23 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIMD2Q9BT23 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIMD2Q9BT23 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIMD2Q9BT23 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIMD2Q9BT23 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIMD2Q9BT23 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIMD2Q9BT23 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIMD2Q9BT23 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIMD2Q9BT23 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIMD2Q9BT23 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIMD2Q9BT23 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIMD2Q9BT23 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIMD2Q9BT23 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIMD2Q9BT23 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LIMD2Q9BT23 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIMD2Q9BT23 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIMD2Q9BT23 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LIMD2Q9BT23 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LIMD2Q9BT23 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LIMD2Q9BT23 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LIMD2Q9BT23 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LIMD2Q9BT23 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LIMD2Q9BT23 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
LIMD2Q9BT23 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
LIMD2Q9BT23 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
LIMD2Q9BT23 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC15.69■□□□□ 0.1
LIMD2Q9BT23 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
LIMD2Q9BT23 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
LIMD2Q9BT23 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
LIMD2Q9BT23 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
LIMD2Q9BT23 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
LIMD2Q9BT23 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
LIMD2Q9BT23 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
LIMD2Q9BT23 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
LIMD2Q9BT23 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
LIMD2Q9BT23 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
LIMD2Q9BT23 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
LIMD2Q9BT23 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
LIMD2Q9BT23 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
LIMD2Q9BT23 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC15.65■□□□□ 0.1
LIMD2Q9BT23 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
LIMD2Q9BT23 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
LIMD2Q9BT23 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
LIMD2Q9BT23 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
LIMD2Q9BT23 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
LIMD2Q9BT23 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LIMD2Q9BT23 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LIMD2Q9BT23 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LIMD2Q9BT23 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LIMD2Q9BT23 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
LIMD2Q9BT23 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
LIMD2Q9BT23 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
LIMD2Q9BT23 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
LIMD2Q9BT23 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
LIMD2Q9BT23 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIMD2Q9BT23 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIMD2Q9BT23 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIMD2Q9BT23 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.6 ms