Protein–RNA interactions for Protein: Q96PV0

SYNGAP1, Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP, humanhuman

Predictions only

Length 1,343 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNGAP1Q96PV0 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
SYNGAP1Q96PV0 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.19■■■□□ 2.58
SYNGAP1Q96PV0 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC31.19■■■□□ 2.58
SYNGAP1Q96PV0 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.18■■■□□ 2.58
SYNGAP1Q96PV0 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC31.17■■■□□ 2.58
SYNGAP1Q96PV0 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
SYNGAP1Q96PV0 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
SYNGAP1Q96PV0 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
SYNGAP1Q96PV0 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC31.13■■■□□ 2.57
SYNGAP1Q96PV0 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
SYNGAP1Q96PV0 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
SYNGAP1Q96PV0 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
SYNGAP1Q96PV0 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
SYNGAP1Q96PV0 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC31.05■■■□□ 2.56
SYNGAP1Q96PV0 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
SYNGAP1Q96PV0 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC31.04■■■□□ 2.56
SYNGAP1Q96PV0 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
SYNGAP1Q96PV0 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC31.04■■■□□ 2.56
SYNGAP1Q96PV0 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC31.03■■■□□ 2.56
SYNGAP1Q96PV0 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.03■■■□□ 2.56
SYNGAP1Q96PV0 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.03■■■□□ 2.56
SYNGAP1Q96PV0 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC31.01■■■□□ 2.56
SYNGAP1Q96PV0 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
SYNGAP1Q96PV0 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
SYNGAP1Q96PV0 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC31■■■□□ 2.55
SYNGAP1Q96PV0 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
SYNGAP1Q96PV0 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC30.99■■■□□ 2.55
SYNGAP1Q96PV0 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
SYNGAP1Q96PV0 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
SYNGAP1Q96PV0 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
SYNGAP1Q96PV0 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
SYNGAP1Q96PV0 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
SYNGAP1Q96PV0 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC30.96■■■□□ 2.55
SYNGAP1Q96PV0 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC30.96■■■□□ 2.55
SYNGAP1Q96PV0 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC30.96■■■□□ 2.55
SYNGAP1Q96PV0 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC30.95■■■□□ 2.54
SYNGAP1Q96PV0 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
SYNGAP1Q96PV0 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
SYNGAP1Q96PV0 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
SYNGAP1Q96PV0 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
SYNGAP1Q96PV0 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC30.93■■■□□ 2.54
SYNGAP1Q96PV0 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
SYNGAP1Q96PV0 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
SYNGAP1Q96PV0 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
SYNGAP1Q96PV0 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
SYNGAP1Q96PV0 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
SYNGAP1Q96PV0 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC30.88■■■□□ 2.53
SYNGAP1Q96PV0 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC30.88■■■□□ 2.53
SYNGAP1Q96PV0 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC30.88■■■□□ 2.53
SYNGAP1Q96PV0 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
SYNGAP1Q96PV0 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
SYNGAP1Q96PV0 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
SYNGAP1Q96PV0 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
SYNGAP1Q96PV0 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
SYNGAP1Q96PV0 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
SYNGAP1Q96PV0 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
SYNGAP1Q96PV0 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
SYNGAP1Q96PV0 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC30.84■■■□□ 2.53
SYNGAP1Q96PV0 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
SYNGAP1Q96PV0 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
SYNGAP1Q96PV0 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.83■■■□□ 2.53
SYNGAP1Q96PV0 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC30.83■■■□□ 2.53
SYNGAP1Q96PV0 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC30.83■■■□□ 2.53
SYNGAP1Q96PV0 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC30.82■■■□□ 2.52
SYNGAP1Q96PV0 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
SYNGAP1Q96PV0 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
SYNGAP1Q96PV0 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
SYNGAP1Q96PV0 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
SYNGAP1Q96PV0 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC30.8■■■□□ 2.52
SYNGAP1Q96PV0 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.8■■■□□ 2.52
SYNGAP1Q96PV0 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
SYNGAP1Q96PV0 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
SYNGAP1Q96PV0 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
SYNGAP1Q96PV0 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC30.78■■■□□ 2.52
SYNGAP1Q96PV0 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
SYNGAP1Q96PV0 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC30.77■■■□□ 2.52
SYNGAP1Q96PV0 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC30.76■■■□□ 2.52
SYNGAP1Q96PV0 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
SYNGAP1Q96PV0 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
SYNGAP1Q96PV0 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC30.75■■■□□ 2.51
SYNGAP1Q96PV0 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC30.75■■■□□ 2.51
SYNGAP1Q96PV0 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
SYNGAP1Q96PV0 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
SYNGAP1Q96PV0 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC30.74■■■□□ 2.51
SYNGAP1Q96PV0 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
SYNGAP1Q96PV0 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
SYNGAP1Q96PV0 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC30.74■■■□□ 2.51
SYNGAP1Q96PV0 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
SYNGAP1Q96PV0 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
SYNGAP1Q96PV0 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC30.73■■■□□ 2.51
SYNGAP1Q96PV0 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
SYNGAP1Q96PV0 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
SYNGAP1Q96PV0 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
SYNGAP1Q96PV0 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
SYNGAP1Q96PV0 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC30.68■■■□□ 2.5
SYNGAP1Q96PV0 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC30.68■■■□□ 2.5
SYNGAP1Q96PV0 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC30.66■■■□□ 2.5
SYNGAP1Q96PV0 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC30.66■■■□□ 2.5
SYNGAP1Q96PV0 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.65■■■□□ 2.5
SYNGAP1Q96PV0 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.7 ms