Protein–RNA interactions for Protein: P54753

EPHB3, Ephrin type-B receptor 3, humanhuman

Predictions only

Length 998 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EPHB3P54753 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
EPHB3P54753 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
EPHB3P54753 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
EPHB3P54753 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
EPHB3P54753 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
EPHB3P54753 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
EPHB3P54753 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
EPHB3P54753 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
EPHB3P54753 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
EPHB3P54753 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
EPHB3P54753 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
EPHB3P54753 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
EPHB3P54753 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
EPHB3P54753 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
EPHB3P54753 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC28.64■■■□□ 2.18
EPHB3P54753 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
EPHB3P54753 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
EPHB3P54753 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
EPHB3P54753 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
EPHB3P54753 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
EPHB3P54753 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
EPHB3P54753 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
EPHB3P54753 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
EPHB3P54753 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
EPHB3P54753 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
EPHB3P54753 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
EPHB3P54753 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
EPHB3P54753 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
EPHB3P54753 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
EPHB3P54753 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
EPHB3P54753 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
EPHB3P54753 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
EPHB3P54753 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
EPHB3P54753 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
EPHB3P54753 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
EPHB3P54753 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
EPHB3P54753 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
EPHB3P54753 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
EPHB3P54753 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
EPHB3P54753 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
EPHB3P54753 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
EPHB3P54753 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC28.51■■■□□ 2.15
EPHB3P54753 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
EPHB3P54753 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
EPHB3P54753 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
EPHB3P54753 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
EPHB3P54753 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
EPHB3P54753 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
EPHB3P54753 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
EPHB3P54753 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
EPHB3P54753 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
EPHB3P54753 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
EPHB3P54753 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
EPHB3P54753 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
EPHB3P54753 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
EPHB3P54753 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
EPHB3P54753 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
EPHB3P54753 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
EPHB3P54753 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
EPHB3P54753 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
EPHB3P54753 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
EPHB3P54753 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
EPHB3P54753 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
EPHB3P54753 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
EPHB3P54753 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
EPHB3P54753 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
EPHB3P54753 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
EPHB3P54753 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
EPHB3P54753 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
EPHB3P54753 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.35■■■□□ 2.13
EPHB3P54753 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
EPHB3P54753 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
EPHB3P54753 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
EPHB3P54753 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
EPHB3P54753 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
EPHB3P54753 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
EPHB3P54753 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
EPHB3P54753 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC28.33■■■□□ 2.13
EPHB3P54753 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
EPHB3P54753 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
EPHB3P54753 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
EPHB3P54753 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
EPHB3P54753 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
EPHB3P54753 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
EPHB3P54753 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
EPHB3P54753 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
EPHB3P54753 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
EPHB3P54753 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
EPHB3P54753 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
EPHB3P54753 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
EPHB3P54753 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
EPHB3P54753 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.11
EPHB3P54753 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
EPHB3P54753 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
EPHB3P54753 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC28.24■■■□□ 2.11
EPHB3P54753 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
EPHB3P54753 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
EPHB3P54753 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
EPHB3P54753 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
EPHB3P54753 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.6 ms