Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC33.49■■■□□ 2.95
SCN4AP35499 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC33.49■■■□□ 2.95
SCN4AP35499 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
SCN4AP35499 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
SCN4AP35499 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC33.46■■■□□ 2.95
SCN4AP35499 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
SCN4AP35499 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
SCN4AP35499 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC33.44■■■□□ 2.94
SCN4AP35499 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
SCN4AP35499 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
SCN4AP35499 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
SCN4AP35499 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
SCN4AP35499 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
SCN4AP35499 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
SCN4AP35499 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC33.37■■■□□ 2.93
SCN4AP35499 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
SCN4AP35499 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
SCN4AP35499 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC33.36■■■□□ 2.93
SCN4AP35499 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
SCN4AP35499 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC33.35■■■□□ 2.93
SCN4AP35499 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
SCN4AP35499 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC33.3■■■□□ 2.92
SCN4AP35499 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC33.3■■■□□ 2.92
SCN4AP35499 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
SCN4AP35499 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
SCN4AP35499 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.92
SCN4AP35499 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
SCN4AP35499 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC33.25■■■□□ 2.91
SCN4AP35499 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
SCN4AP35499 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC33.24■■■□□ 2.91
SCN4AP35499 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC33.24■■■□□ 2.91
SCN4AP35499 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.23■■■□□ 2.91
SCN4AP35499 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC33.23■■■□□ 2.91
SCN4AP35499 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC33.23■■■□□ 2.91
SCN4AP35499 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC33.23■■■□□ 2.91
SCN4AP35499 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC33.23■■■□□ 2.91
SCN4AP35499 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
SCN4AP35499 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
SCN4AP35499 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC33.22■■■□□ 2.91
SCN4AP35499 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC33.22■■■□□ 2.91
SCN4AP35499 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC33.21■■■□□ 2.91
SCN4AP35499 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC33.2■■■□□ 2.91
SCN4AP35499 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC33.2■■■□□ 2.91
SCN4AP35499 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC33.19■■■□□ 2.9
SCN4AP35499 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC33.18■■■□□ 2.9
SCN4AP35499 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
SCN4AP35499 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
SCN4AP35499 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
SCN4AP35499 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
SCN4AP35499 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.16■■■□□ 2.9
SCN4AP35499 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
SCN4AP35499 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
SCN4AP35499 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC33.14■■■□□ 2.9
SCN4AP35499 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC33.14■■■□□ 2.9
SCN4AP35499 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
SCN4AP35499 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
SCN4AP35499 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC33.12■■■□□ 2.89
SCN4AP35499 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
SCN4AP35499 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC33.09■■■□□ 2.89
SCN4AP35499 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC33.08■■■□□ 2.89
SCN4AP35499 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
SCN4AP35499 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC33.06■■■□□ 2.88
SCN4AP35499 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
SCN4AP35499 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC33.04■■■□□ 2.88
SCN4AP35499 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
SCN4AP35499 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
SCN4AP35499 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
SCN4AP35499 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
SCN4AP35499 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC32.99■■■□□ 2.87
SCN4AP35499 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
SCN4AP35499 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
SCN4AP35499 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC32.96■■■□□ 2.87
SCN4AP35499 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
SCN4AP35499 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.95■■■□□ 2.87
SCN4AP35499 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.94■■■□□ 2.86
SCN4AP35499 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC32.94■■■□□ 2.86
SCN4AP35499 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC32.93■■■□□ 2.86
SCN4AP35499 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC32.93■■■□□ 2.86
SCN4AP35499 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC32.93■■■□□ 2.86
SCN4AP35499 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC32.93■■■□□ 2.86
SCN4AP35499 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.93■■■□□ 2.86
SCN4AP35499 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
SCN4AP35499 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
SCN4AP35499 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC32.92■■■□□ 2.86
SCN4AP35499 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
SCN4AP35499 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC32.91■■■□□ 2.86
SCN4AP35499 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
SCN4AP35499 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
SCN4AP35499 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.9■■■□□ 2.86
SCN4AP35499 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
SCN4AP35499 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC32.9■■■□□ 2.86
SCN4AP35499 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
SCN4AP35499 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
SCN4AP35499 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
SCN4AP35499 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC32.88■■■□□ 2.85
SCN4AP35499 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
SCN4AP35499 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC32.87■■■□□ 2.85
SCN4AP35499 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
SCN4AP35499 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
SCN4AP35499 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC32.86■■■□□ 2.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 80.6 ms